Question

我在目录中有几个fastq.gz文件。我想删除每个文件名的部分内容。这是文件名

RES-1448-001_S289_L001_R1_001.fastq.gz
RES-1448-001_S289_L001_R2_001.fastq.gz
RES-1448-012_S300_L001_R1_001.fastq.gz
RES-1448-012_S300_L001_R2_001.fastq.gz

我想删除它后面的S和3位数以及L001。我希望在删除后能够这样做

RES-1448-001_R1_001.fastq.gz
RES-1448-001_R2_001.fastq.gz
RES-1448-012_R1_001.fastq.gz
RES-1448-012_R2_001.fastq.gz

非常感谢您的帮助

Answer 1

bash参数展开：

for file in *.fastq.gz; do
    start=${file%%_*}  ## Gets only the portion before first `_`
    end=${file#*_*_*_*}  ## Gets the portion after 3 `_`s from start
    echo mv -- "$file" "${start}_${end}"
done

这只会echo运行mv命令，如果满意，请删除实际echo操作的mv：

for file in *.fastq.gz; do
    start=${file%%_*}
    end=${file#*_*_*_*}
    mv -- "$file" "${start}_${end}"
done

Answer 2

使用perl：

perl -ape 's{_S\d\d\d_L001}{}'

删除Linux中多个文件名称的一部分

2 个答案: