Question

我正在尝试从名为OPenDAP的开放式在线数据库下载并打开netcdf文件。当我直接从OPenDAP的服务器数据集访问表单下载数据文件时，命名文件“MUR_JPL_L4_GLOB_opendap.nc.nc4”，我可以在R Studio中成功下载和查看数据。

library("ncdf4")
GHRSST<-nc_open("MUR_JPL_L4_GLOB_opendap.nc.nc4")
print(GHRSST)
nc_close(GHRSST)

此外，当我将数据访问表单的数据URL直接插入我的浏览器时（例如，“http://podaac-opendap.jpl.nasa.gov/opendap/allData/ghrsst/data/GDS2/L4/GLOB/JPL/MUR/v4.1/2009/009/20090109090000-JPL-L4_GHRSST-SSTfnd-MUR-GLOB-v02.0-fv04.1.nc.nc4?lat[0:1:17998],lon[0:1:35999],analysed_sst[0:1:0][0:1:17998][0:1:35999]”），命名文件“MUR_JPL_L4_GLOB_browser.nc.nc4”，我可以下载并查看数据成功进入R Studio。

library("ncdf4")
GHRSST<-nc_open("MUR_JPL_L4_GLOB_browser.nc.nc4")
print(GHRSST)
nc_close(GHRSST)

当我尝试使用download.file（）函数直接从R Studio中的上面的URL下载数据时，我也可以成功下载该文件。

download.file("http://podaac-opendap.jpl.nasa.gov/opendap/allData/ghrsst/data/GDS2/L4/GLOB/JPL/MUR/v4.1/2009/009/20090109090000-JPL-L4_GHRSST-SSTfnd-MUR-GLOB-v02.0-fv04.1.nc.nc4?lat[0:1:17998],lon[0:1:35999],analysed_sst[0:1:0][0:1:17998][0:1:35999]","MUR_JPL_L4_GLOB_rstudio.nc.nc4")

但是，已在RS Studio中下载的此数据文件（“MUR_JPL_L4_GLOB_rstudio.nc.nc4”）无法使用程序包“ncdf4”中的nc_open（）函数在R Studio中打开。当我尝试使用下面的代码打开文件时，R Studio报告“断言失败”错误，R Studio立即崩溃。

library("ncdf4")
GHRSST<-nc_open("MUR_JPL_L4_GLOB_rstudio.nc.nc4")
ASSERTION FAILED!...

我的R Studio版和ncdf4包是最新的。我在Rgui中尝试了相同的代码，但有类似的错误消息和崩溃。我也在另一台具有相同结果的计算机上尝试了这个，并在“下载程序”包中使用了不同的下载功能，例如“下载”，但它也以同样的方式失败了。我还下载了文件的一小部分，以防大文件大小出现问题，但这没有帮助。

我的问题是：

1）为什么使用download.file（）函数打开RStudio下载的文件会导致R Studio崩溃，而我的浏览器直接下载的文件正常运行？ 2）你知道有什么修正可以让我解决这个问题吗？

我的最终目标是下载并处理许多这些文件，这就是为什么使用我的浏览器手动下载所有数据不是一个好选择。

我的sessionInfo（）如下：

R版本3.3.2（2016-10-31）平台：x86_64-w64-mingw32 / x64（64位）运行于：Windows＆gt; = 8 x64（build 9200）

区域设置： [1] LC_COLLATE = English_United States.1252 LC_CTYPE = English_United States.1252 LC_MONETARY = English_United States.1252 [4] LC_NUMERIC = C LC_TIME = English_United States.1252

附加基础包： [1] stats graphics grDevices utils数据集方法库

其他附件包： [1] ncdf4_1.15

通过命名空间加载（而不是附加）： [1] tools_3.3.2

提前感谢您的帮助。

Answer 1

我刚刚看到这个并且一直试图解决同样的问题。我也是通过R从PODAAC ftp服务器下载并使用mapply(download.file())尝试循环。我认为我的问题是mapply()并且不知何故它没有正确构建下载的文件（我也无法打开它们通过RStudio或基础R下载但是如果我手动完成它们就没问题了来自ftp）。

似乎对我有用的解决方案是添加第二个循环，一旦你获得了单个目录的文件名（我将在几年内下载，每个都有自己的文件夹），运行每个实例download.file()。

# ftp://podaac-ftp.jpl.nasa.gov/allData/modis/L3/aqua/4um/v2014.0/4km/monthly
#monthly SST data, one folder per year
require(ncdf4)
require(RNetCDF)
require(RCurl) 

month <- c("01", "02", "03", "04", "05", "06", "07", 
       "08", "09", "10", "11", "12") #months to download
url_year <- seq(2003, 2016, 1) #years to download

for(i in 1:length(url_year)){
  url <- paste0("ftp://podaac-ftp.jpl.nasa.gov/allData/modis/L3/aqua/4um/v2014.0/4km/monthly/", url_year[i], "/")
  filenames = getURL(url, ftp.use.epsv = FALSE, dirlistonly = TRUE, crlf = TRUE) 
  filenames = paste(url, strsplit(filenames, "\r*\n")[[1]], sep = "") 
  filenamesNC = filenames[c(seq(1, 23, 2))] #subset only the netcdf files
  for(j in 1:length(filenames)){
   download.file(url = filenamesNC[j], destfile = paste0(url_year[i], "_", month[j],"_sst4_4km.nc"), mode="wb")
  }
}

在Windows R 64bit

1 个答案: