mpiexec使用错误的cpus数

Question

我正在尝试设置MPI群集。但我有一个问题，即没有正确使用添加到mpd.conf文件中的CPU数量。 我有三个Ubuntu服务器。 opteron有48个核心 calc1有8个核心 含有8个核心的calc2。

我的mpd.hosts看起来像：
opteron:46
calc1:6
calc2:6

启动后（mpdboot -n 3 -f mpd.hosts）系统正在运行。 mpdtrace - ＆gt;所有这三个都被列出来了。

但运行像“mpiexec -n 58 raxmlHPC-MPI ...”这样的程序会导致calc1和calc2进入很多工作，而opteron会同时进入很少的工作。 我做错了什么？

此致

比约恩

Answer 1

我找到了解决方法。 我为mpiexec命令使用了附加参数“-machinefile /path/to/mpd.hosts”。现在，所有节点都正常运行。 我遇到的一个问题是我收到了以下错误消息：

... MPIU_SHMW_Seg_create_attach_templ（671）：打开失败 - 没有这样的文件或目录......

要修复它，我必须设置环境变量MPICH_NO_LOCAL=1

Answer 2

如您所知，您必须将机器文件传递给mpdboot和mpiexec才能使用每个主机进程计数。 “开放式失败”问题是MPD中的一个已知错误，即您正在使用的流程管理器。请注意，MPICH_NO_LOCAL=1解决方法可行，但可能会导致内部节点通信的性能损失。

您显然正在使用MPICH2（或MPICH2衍生产品），但目前尚不清楚您使用的是哪个版本。如果可以，我强烈建议升级到MPICH2 1.2.1p1或（更好）1.3.1。这两个版本都包含一个名为hydra的更新的流程管理器，它更快，更强大。在1.3.1中，hydra是默认的流程管理器。它不需要mpdboot阶段，它支持$HYDRA_HOST_FILE环境变量，因此您不必在每个mpiexec上指定机器文件。