使用Venneuler创建维恩图

时间:2016-11-17 20:38:10

标签: r plot venn-diagram

我曾经使用" limma"创建维恩图。但是在其中一个Shiny服务器上我需要使用R版本3.3.0而limma与它不兼容。所以我正在尝试 venneuler ,我无法创建情节。如果我想从包含多个列的文件中制作两个/三个/四个方式的维恩图,那么有人可以分享如何创建正确的图 -

以前的代码用于 limma -

count=read.table(file="htseq.txt",sep="\t",header=TRUE,row.names=1)
a <- vennCounts(count[,1:4])
vennDiagram(a)

输入看起来像这样 -

id  R148L_HAC   R148L_HANEB R148L_HANu
ENSMUSG00000000001  3   993 573
ENSMUSG00000000003  0   0   0
ENSMUSG00000000028  2   0   10
ENSMUSG00000000031  1   843 149
ENSMUSG00000000037  0   0   0
ENSMUSG00000000049  99  12362   1228

Venneuler的代码 -

 count=read.table(file="htseq.txt",sep="\t",header=TRUE,row.names=1)
a1 <- cbind(count$R148L_HAC, count$R148L_HANEB, count$R148L_HANu)
v <- venneuler(a1)
plot(v)

这会创建以下情节 -

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