Question

我有一个名为runDataAnalysis.R的R脚本，我在其中调用了一个长分析文件actualAnalysis.R。

我想用knitr生成一个报告（我没有使用RStudio）。

所以我跟着一些good advice并做了以下事情：

我的长分析文件顶部有## @knitr runMostAnalyses。

我的runDataAnalysis.R文件中也有这些行：

---
output: html_document: 
        toc: true
---

```{r echo=FALSE}
read_chunk('pathtofile/actualAnalysis.R')
```

```{r first}
<<runMostAnalyses>>
```

最后，我运行它并通过调用rmarkdown::render('runDataAnalysis.R')来获取报告。这在很大程度上起作用，但它不保留源文件中指示的降价（至少不是与通常用于rmarkdown的格式相同）。例如，我的标题级别与#' #，#' ##和#' ###不同。但这只是在报告文件中逐字复制而不是解释为标题（并包含在目录中）。我在chunk options找不到任何相关选项。

语法不同还是我在评估块时做错了什么？

Answer 1

如果将Rmd导入Rmd文件，则可以使用here描述的解决方案之一：使用chunk参数child

```{r, child = 'pathtofile/actualAnalysis.R'}
```

或使用函数knit_child（将转换后的文档作为字符串返回）以及设置为results的块参数'asis'：

```{r echo=FALSE, results='asis'}
   cat(knit_child(text = readLines('pathtofile/actualAnalysis.Rmd', quiet = TRUE)) 
```

如果导入的文件格式化为要使用spin处理的R脚本，则在使用spin_child替换knit_child后，该文件应该可以正常工作。

如果父文档本身也是使用spin处理的格式化R脚本（不是Rmd，如示例所示），则可以使用双花括号导入子文档（格式化为旋转），如spin_child文档：

{{ spin_child('pathtofile/actualAnalysis.R') }}

为knitr保留chunked文件中的markdown

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