从Java运行shell脚本返回"命令未找到"

时间:2016-11-16 17:30:19

标签: java shell unix netbeans

我使用NetBeans v.8.2创建了一个java GUI。 Java的新手。

GUI中的一个按钮启动一个shell脚本(我知道这不是理想的Java实践,但它适用于我的用例)使用从GUI中其他按钮/文本字段收集的参数:

    ```
        private void RunMacActionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt) {                                       
            String command[] = {scriptDirStr + "/./Master_run.sh",
                                projDirStr+"/",
                                DestDirStr+"/",
                                ECnonNormStr,
                                ECnormStr,
                                ProjID.getText(),
                                scriptDirStr +"/"};
            System.out.print(Arrays.toString(command));
            ProcessBuilder pb = new ProcessBuilder(command);
            try {
                Process p = pb.start();
            } catch (IOException ex) {
                Logger.getLogger(NewJFrame.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
            }
        }                                      
    ```

所以,想法是用一堆参数启动Master_run.sh。 Master_run.sh运行其他R和python脚本,例如:

python2 $script_Path/array_data_extractor.py $spath >>$spath/masterOutput.txt 2>>$spath/masterErrors.txt

Rscript $script_Path/1_APS_generator_master.R $spath $dpath $APS_src_filename $project_ID $APS_norm_src_filename >>$spath/masterOutput.txt 2>>$spath/masterErrors.txt

结束

cat $spath/masterErrors.txt| mail -s $Project_title" done" myEmailAddress@gmail.com

我知道脚本已启动,因为我收到一封包含以下错误的电子邮件:

" ...第14行:python2:找不到命令"

" ...第16行:Rscript:未找到命令"

当我在终端内使用相同的确切参数运行Master_run.sh时,没有这样的错误。有人知道可能出现的问题和/或如何修复它吗?

要重新解决这个问题,我似乎得到了不同的行为,从java中直接在命令行上启动相同的命令。

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

您的shell环境明显不同于java的环境。尝试指定python2和Rscript的完整路径。例如

/usr/local/bin/python2 $script_Path/array_data_extractor.py ...