ggplot中缺少组（使用knitR）

Question

我想使用ggplot为3x2组生成Boxplots并使用knitR将其解析为word文档。情节应该看起来有点1。

它适用于R，但是在knitR中，我得到类似下面的一个，它会丢弃一个分组变量（ggplot（aes（））中的“颜色”，下面的s。）并改变图例的顺序。 / p>

我使用以下函数进行绘图：

  boxplot_t1t2 <- function(data, group, variable, time, ylab)
  {
    ggplot(data, aes(x = group, y = variable, fill = group, colour = time)) + 
      stat_boxplot(geom = 'errorbar') +
      geom_boxplot() +
      labs(x = "", y = ylab) +
      scale_fill_manual(values = c("khaki1", "mediumseagreen", "olivedrab2")) +
      scale_x_discrete(labels = str_wrap(c("", "", ""), width = 2)) +
      scale_colour_manual(values = c("black", "black")) +
      scale_colour_grey(start = 0.4, end = 0) +
      theme(...)
  }