Question

我的数据帧的频率如下R所示：

    V1 V2 V3 V4
row1 1  2  0  1
row2 0  6  0  3
row3 3  0  0  0
row4 0  0  2  0
row5 4  1  0  0
row6 3  0  1  1
(more rows)

a<-as.data.frame(matrix(c(1,2,0,1,0,6,0,3,3,0,0,0,0,0,2,0,4,1,0,0,3,0,1,1),byrow=T,ncol=4))

我想要一个函数来计算每一行的列之间的匹配，其中两个值都是＆gt; 0，所以我得到了V1-V4的关系矩阵，如下所示：

    V1 V2 V3 V4
V1
V2   2
V3   1  0
V4   2  2  1

是否有一些方便的功能？或者我该怎么做？

Answer 1

以下是使用combn，sapply和rowSums的基本R方法。

# get the pairwise combination of variables
varComb <- combn(names(df), 2)
varComb
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
[1,] "V1" "V1" "V1" "V2" "V2" "V3"
[2,] "V2" "V3" "V4" "V3" "V4" "V4"

# get the counts
counts <- sapply(seq_len(ncol(varComb)),
                 function(i) sum(rowSums(df[,varComb[,i]] > 0) == 2))

此处，变量组合用于对数据帧进行子集化，根据值是否大于0将其转换为逻辑矩阵。这些行一起被计算并计算（使用sum ）基于结果是否等于2. sapply允许我们将这个计数应用于varComb中存在的每对变量。

# put these into a data frame
setNames(data.frame(t(varComb), counts), c("var1", "var2", "counts"))
  var1 var2 counts
1   V1   V2      2
2   V1   V3      1
3   V1   V4      2
4   V2   V3      0
5   V2   V4      2
6   V3   V4      1

将这些结果放在一起，我们可以使用setNames，它允许我们创建一个数据框并将名称应用于一行中的变量。

要将此结果放入矩阵，您可以使用cbind和矩阵子集：

# construct empty matrix
tempMat <- matrix(NA, 4, 4)

# fill it in
tempMat[cbind(as.integer(substr(dfNew$var2, 2, 2)),
              as.integer(substr(dfNew$var1, 2, 2)))] <- dfNew$counts

tempMat
     [,1] [,2] [,3] [,4]
[1,]   NA   NA   NA   NA
[2,]    2   NA   NA   NA
[3,]    1    0   NA   NA
[4,]    2    2    1   NA

as.integer和substr提取要放置值的行和列，cbind将此输出转换为矩阵，用于矩阵子设置。

Answer 2

好吧，经过一番摆弄，我想出了什么：

a<-as.data.frame(matrix(c(1,2,0,1,0,6,0,3,3,0,0,0,0,0,2,0,4,1,0,0,3,0,1,1),byrow=T,ncol=4))
a[a>0]<-1
a<-t(a)    
mat<-outer(1:nrow(a), 1:nrow(a), FUN=Vectorize(function(x,y) sum(a[x,]!=0 & a[y,]!=0)))
mat[upper.tri(mat,diag=T)] <- 0

不漂亮，但似乎有用。

R：来自频率数据帧的对称关系矩阵

2 个答案: