Question

这是一个示例data.frame，它有30个独特的样本（ID 1到30），每个样本有三个测量值（在三个不同的阈值（＆＃39; G1＆＃39;列）; 5e-03,5e -05,5e-08）。 90个观测值中的每一个都具有p值（P列）。最后，三十个样本中的每一个都属于十个不同类别中的一个（＆＃39; G2＆＃39;）[抱歉所有数字变量！]

 # example data.frame
df <- data.frame(
  'ID' = as.character(unlist(lapply(seq(1:30), function(x) rep(x,3)))),
  'P'  = runif(n = 90, min = 0, max = 1),
  'G1' = as.character(c('5e-03','5e-05','5e-08')),
  'G2' = as.character(unlist(lapply(sample(1:10, size = 30, replace = T), function(x) rep(x,3))))
)

我可以使用此命令生成一个漂亮的条形图;

ggplot(df, aes(x = interaction(ID,G2), y = P, fill = G2)) +
  geom_bar(stat = 'identity') +
  coord_flip() +
  facet_grid(. ~ G1)

看起来像这样：

Plot 1: image with one facet, and 'G2' visualised using colour

然而，我真正想做的是有两个方面; ＆＃39; G1＆＃39;在列（当前是）上，而不是使用条形颜色来划分＆＃39; G2＆＃39;变量，我想在G2上第二个水平面。这就是我的尝试：

ggplot(df, aes(x = interaction(ID,G2), y = P, fill = G2)) +
  geom_bar(stat = 'identity') +
  coord_flip() +
  facet_grid(G2 ~ G1)

这是不对的。当我面对G2时，它会在每个方面绘制所有样本。这很难看，因为每个样本只能属于一个G2类别。如何生成仅绘制属于该组的条形的第二个方面？我已经尝试过调整＆＃39; drop＆＃39;＆＃39; scale＆＃39;和＆＃39;空间＆＃39; facet_grid中的变量，但它并没有改进。

我正在寻找

This - 我在绘图中应该在方面的部分手动绘制矩形。它与Plot 1基本相同，只是条形被分成G2面。

Answer 1

首先请注意，由于您正在使用G2和G1，因此您不再需要x=interaction(ID,G2)：x=ID就足够了。

默认情况下，绘图的所有构面的x和y轴共享相同的比例。但您可以使用scales参数

更改它

ggplot(df, aes(x = ID, y = P, fill = G2)) +
  geom_bar(stat = 'identity') +
  facet_grid(G1 ~ G2, scales="free_x")

请注意，我在网格定义中交换了G1和G2。我不认为可以使其与coord_flip()一起使用。

Answer 2

刚刚加入皮埃尔回答：

ggplot(df, aes(x = ID, y = P, fill = G2)) +
  geom_bar(stat = 'identity') +
  facet_grid(G1 ~ G2, scales="free", space="free")

这将为每个条形图提供相同的宽度。

不平整类别的小平面条形图

2 个答案: