Question

我最近开始使用docker。看起来非常令人兴奋，您可以在任何机器上构建应用程序并运行它们，这听起来很棒！

事实是我经历过其他事情。我有一个R图像作为基础（摇杆/ r.base），我想安装python，所以我可以在图像上运行一个烧瓶应用程序，它将公开一个被调用的端点，它将运行一个R脚本和记录一些结果。

整个东西是docker-compose文件的一部分（在compose上还有3-4个图像，所有这些都是单独的操作）。

所以我设法构建图像并使用docker-compose在本地运行它。

当我尝试将映像部署到AWS EC2实例时，会出现奇怪的事情。到目前为止，我已经设法在AWS上运行其他图像。但是对于这个特定的图像，构建失败是因为我得到了一些库依赖性错误，并且在修复之后，执行失败了。要了解更多细节：

最初，我在构建时在AWS上遇到依赖项错误（本地没有此类错误）。因此，为了克服这个问题，我修改了我的Dockerfile，以便它单独安装这些依赖项。这有效！我的形象终于建成了。但是：
我设法让网络应用程序暴露给端点。我尝试然后调用R脚本，我得到系统找不到Rscript命令（我明确地将它定义为/ usr / bin / Rscript在本地工作正常 - 我使用python＆＃39; s subprocess.call来运行R脚本）。

所以似乎我的容器上没有安装Rscript在AWS！这可能是因为我所做的手动安装，我使用过 - allow-downgrades所以将安装正确的版本。我怀疑这些降级可能会删除一些库吗？

无论如何，我无法弄清楚出了什么问题。这对我来说听起来很糟糕。我认为一旦你在本地运行一些东西，那么你可以用docker在任何地方运行它，但似乎不是这种情况，或者我错过了一些非常糟糕的东西。

BTW，我的本地生产（AWS）服务器使用相同版本的docker（1.12.3，build 6b644ec）和docker-compose（版本1.7.0，build 0d7bf73），我已经为这两台机器启用了i386架构（只是如果这是问题，两者实际上都在使用amd64）。

不确定我是否期望从这篇文章得到一些答案，到目前为止我在google搜索时没有找到类似的情况，但如果有人之前遇到过这种情况，请自由发言！：）

干杯，的Babis

更新：

你绝对是对的Yaron。我附上一些更多的信息。首先，docker-compose.yml：

version: '2'
services:
  recommend.service:    # This service is fine both locally and on AWS
    build:
      context: .
      dockerfile: ./docker/recommend.service.Dockerfile
    ports:
     - "8081:8081"
    restart: always
    env_file: .env
  cltv.service:     # This is the service that has problems to be built and run on AWS. Locally is fine
    build:
      context: .
      dockerfile: ./docker/cltv.service.Dockerfile
    ports:
     - "8082:8082"
    restart: always
    env_file: .env
  rabbit:       # Works everywhere
    image: rabbitmq
    hostname: smart.rabbitmq
    restart: always
    volumes:
      - rabbit.data:/var/lib/rabbitmq
  celery:       # Works everywhere
    build:
      context: .
      dockerfile: ./docker/smart.celery.Dockerfile
    depends_on:
     - rabbit
    restart: always
    env_file: .env
volumes:
  rabbit.data:
    driver: local

和./docker/cltv.service.Dockerfile：

## Adapted from zamora/r-devtools
## Start with the official rocker image (lightweight Debian)
FROM rocker/r-base:latest

MAINTAINER Babis <cparavalos@gmail.com>

ENV DEBIAN_FRONTEND noninteractive

RUN mkdir -p /usr/src/cltv_app
WORKDIR      /usr/src/cltv_app

COPY requirements.txt           /usr/src/cltv_app/requirements.txt
COPY requirements-cltv.txt      /usr/src/cltv_app/requirements-cltv.txt
COPY cltv/                      /usr/src/cltv_app/cltv/
COPY services/                  /usr/src/cltv_app/services/

# Install external dependencies
RUN apt-get update -qq \
 && apt-get install -y --no-install-recommends --allow-downgrades \
 libcurl3=7.50.1-1 \        # I added that because of dependencies issue while building in the server. Locally I didn't need it
 libcurl4-openssl-dev \
 libssl-dev \
 libsqlite3-dev \
 libxml2-dev \
 qpdf \
 vim \
 libgsl-dev \
 && apt-get clean \
 && rm -rf /var/lib/apt/lists/ \
 && rm -rf /tmp/downloaded_packages/ /tmp/*.rds

# Install devtools and testthat
RUN install2.r --error \
    devtools \
    testthat \
    gsl

# Install some required libraries
RUN Rscript -e 'devtools::install_github("mplatzer/BTYDplus", dependencies=TRUE)'

## Note: I had added the below in order to get a succesful build because of the dependencies errors. In my local, the image is built and run without these!!!
#RUN apt-get update
#RUN apt-get install -y --allow-downgrades libkrb5support0=1.14.3+dfsg-2
#RUN apt-get install -y libkrb5-3=1.14.3+dfsg-2
#RUN apt-get install -y libk5crypto3=1.14.3+dfsg-2
#RUN apt-get install -y libgssapi-krb5-2=1.14.3+dfsg-2
#RUN apt-get update
#RUN apt-get install -y krb5-multidev

# Install python and postgres required packages
RUN apt-get update
RUN apt-get install -y python3.4 python3-dev libpq-dev python-pip

RUN pip install --no-cache-dir -r requirements.txt
RUN pip install --no-cache-dir -r requirements-cltv.txt
RUN pip install -e cltv/.

EXPOSE 8082

# Set a big timeout
CMD ["/usr/local/bin/gunicorn", "--log-config", "cltv/logging.conf",  "cltv.wsgi:app", "--bind", "0.0.0.0:8082", "--timeout", "86400"]

我用以下方式触发整个过程：

docker-compose up --build -d

谢谢，如果你需要在设置上看到别的东西，请建议！

Answer 1

原因是r.base与某些python包有冲突，并且无法将python与此R图像一起使用。

我最终得到了一个docker-dock-docker图像的解决方案，它以ubuntu为基础。我在ubuntu映像中安装了所需的python库，在它上面安装了docker，在这个映像中我使用docker来构建这个r.base映像。然后我在ubuntu容器内部使用了docker run，并设法完成我的工作：）

使用R（rocker / r.base）和python的Docker镜像在EC2上运行时不起作用，但是本地很好

1 个答案: