python:读取dna序列文本文件到字典

时间:2016-11-14 00:06:36

标签: python dictionary dna-sequence

我正在尝试将包含DNA序列的文本文件转换为python中的字典。该文件是按列设置的。

TTT F
TCT S
TAT Y
TGT C
TTC F


import os.path

if os.path.isfile("GeneticCode_2.txt"):
    f = open('GeneticCode_2.txt', 'r')
    my_dict = eval(f.read())

试图让它:

my_dict = {TTT: F, TCT: S, TAT: Y} 

3 个答案:

答案 0 :(得分:2)

您可以使用dict构造函数使用可迭代的对(2元组)并将其传递给文件的分割线:

with open('GeneticCode_2.txt', 'r') as f:
    my_dict = dict(line.split() for line in f)  
    # works only if file only contains lines that split into exactly 2 tokens

答案 1 :(得分:0)

d = {}
with open("GeneticCode_2.txt") as infile:
    for line in infile:
        k,v = line.strip().split()
        d[k] = v

答案 2 :(得分:0)

这不是最紧凑的方式,但它非常易读。

my_dict = dict()

for line in f.readlines():
    parts = line.strip().split()
    if not len(parts) < 2:
        my_dict[parts[0]] = parts[1]