Question

我有形状[512,512，x]的.npy文件，x最多可达400.在这些数组中（是正确的术语？我不确定正确的术语），有漂浮零点和一点之间的点数。它们是噪声图像的灰度级。图像是512x512像素，每个npy文件我保存的图像数量不同。

我现在想对噪声图像进行一些计算，但是无法在R或MATLAB中导入数组：

在R中我尝试了RcppCNPy - 包并得到错误“npyLoad中不支持的维度”。

在MATLAB中，我尝试了readNPY - 函数并得到错误“此文件似乎不是基于标题的NUMPY格式。”但我的文件没有标题。可能是该功能仅适用于2D阵列吗？

我怎样才能访问之前保存过的3D阵列？

非常感谢MATLAB或R中的任何帮助！

Answer 1

npy是一种独特的numpy文件格式。是的，它确实有一个包含版本，尺寸，步幅和dtype等信息的标题块。

快速浏览readNpy表明它相对较新且具有实验性。与他们核实能力。

np.savetxt写入文本CSV文件。这被广泛使用（查看关于np.genfromtxt和np.loadtxt的SO问题的数量），但是根据＆＃39;纸张的性质而定。是2d - 列的行。我不知道编写高维数组的任何标准 - 重塑到2d和返回可能是最简单的。

scipy.io.savemat可以编写MATLAB兼容的.mat文件。这（和loadmat）能够读/写更高的D数组，以及MATLAB结构和单元格。这是numpy和MATLAB之间经过最佳测试的文件交换。

较新的MATLAB保存格式使用HDF5文件。 Python h5py包也可以读写它们。关于读取由MATLAB生成的这种类型的文件有很多SO问题。 Python-created HDF5 dataset transposed in Matlab

请记住，MATLAB维度排序等同于numpy＆＃39; F＆＃39;顺序。

比较

xf=np.arange(12).reshape(3,4,order='F')   # saved with savemat

>> xf(:).'      # in octave
ans =
   0   1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11

没有order = F，octave给出

 0   4   8   1   5   9   2   6  10   3   7  11

和

>> xf
xf =
   0   3   6   9
   1   4   7  10
   2   5   8  11

>> x
x =
   0   1   2   3
   4   5   6   7
   8   9  10  11

np.asfortranarray(x)似乎无法发挥作用。

Answer 2

如果您可以访问python和numpy，则解决方法是使用np.load()加载.npy文件，然后使用np.savetxt()以txt格式保存它们。

编辑：似乎savetxt（）不能与3D数组一起使用，所以在python2中你可以使用file（）顺序写出数组的2D条目：

import numpy as np
a = np.arange(60).reshape(3, 4, 5)
with file("test.txt", 'w') as f:
    for slice in a:
        np.savetxt(f, a)

您还可以将a重塑为2D数组，使用savetxt，然后将其加载到csv / Matlab中并重新整形。