Question

我能够从命名空间引用函数，但不能引用类。这是名称空间文件 SeqLib / FermiAssembler.h＆＃34;

#ifndef SEQLIB_FERMI_H
#define SEQLIB_FERMI_H

#include <string>
#include <cstdlib>
#include <iostream>

namespace SeqLib 
{

    void print_my_name(){ std::cout << "It's Crt" }
    class FermiAssembler {
    public:
        FermiAssembler();

        ~FermiAssembler();

        void AddReads(const BamRecordVector& brv);
    };
}

我可以致电print_my_name() via SeqLib::print_my_name()，但无法通过SeqLib::FermiAssembler f

引用FermiAssembler课程

这是我/src

中的C ++文件

#include <iostream>
#include <Rcpp.h>
#include "SeqLib/FermiAssembler.h"
using namespace std;

// [[Rcpp::export]]
void whats_my_name(){
     SeqLib::FermiAssembler f;

这是包的结构

temp
  seqLib
  SeqLib
    src
      FermiAssembler.cpp
    SeqLib
      FermiAssembler.h
  headerFiles
    SeqLibCommon.h
  src
    hello_world.cpp
    Makevars which contains PKG_CXXFLAGS= -I../SeqLib

这是 FermiAssembler.cpp 定义的

 #include "SeqLib/FermiAssembler.h"
 #define MAG_MIN_NSR_COEF .1

 namespace SeqLib {
    FermiAssembler::~FermiAssembler() {
      ClearReads();
      ClearContigs();
    }
 }

错误消息为：Error in dyn.load(dllfile) : unable to load shared object 'temp/seqLib/src/SeqLib.so': temp/seqLib/src/SeqLib.so: undefined symbol: _ZN6SeqLib14FermiAssemblerD1Ev

更新我已将整个子模块移动到src文件夹中：

# temp
# |─── src 
#       |────SeqLib
#              |──────SeqLib 
#                        |────── FermiAssembler.h 
#              |──────src 
#                        |────── FermiAssembler.cpp

Answer 1

当您看到引用_ZN6SeqLib14FermiAssemblerD1Ev之类的错误时，第一步是通过名称解析器c++filt运行它，它应包含在任何Linux发行版中：

$ c++filt _ZN6SeqLib14FermiAssemblerD1Ev
# SeqLib::FermiAssembler::~FermiAssembler()

问题是，在您的标头文件中，声明了类FermiAssembler的析构函数，但没有提供定义。你的选择是

完全删除声明。如果此类的析构函数没有做任何特殊操作，例如释放动态分配的内存或记录信息等，那么生成的默认析构函数应该没问题由编译器。但是，如果您提供如上所述的声明，则告诉编译器“此类的析构函数需要执行额外的操作，因此请不要为我生成一个。”
提供空定义 ：~FermiAssembler() {}（请注意大括号，将其与声明区分开来）。这相当于使用编译器生成的析构函数，如上所述。
提供非空的定义。在这个简单的示例中，FermiAssembler类不需要非默认的析构函数，但是为了演示的目的我们将在下面探讨此选项。

这是我将要使用的文件布局;您需要相应地调整#include路径等：

tree example/

# example/
# ├── DESCRIPTION
# ├── example.Rproj
# ├── NAMESPACE
# ├── R
# │   └── RcppExports.R
# └── src
#     ├── demo.cpp
#     ├── FermiAssembler.cpp
#     ├── FermiAssembler.h
#     └── RcppExports.cpp

标题FermiAssembler.h现在变为：

#ifndef SEQLIB_FERMI_H
#define SEQLIB_FERMI_H

namespace SeqLib {

class BamRecordVector;

void print_my_name();

class FermiAssembler {
public:
    FermiAssembler();

    ~FermiAssembler();

    void AddReads(const BamRecordVector& brv);
};

} // SeqLib

#endif // SEQLIB_FERMI_H

请注意，我还将print_my_name转换为函数原型，因此还需要在相应的源文件中定义它。此外，您可以将之前的#include移动到源文件，因为此处不再需要它们：

// FermiAssembler.cpp
#include "FermiAssembler.h"
#include <iostream>
#include <Rcpp.h>

namespace SeqLib {

void print_my_name() {
    std::cout << "It's Crt";
}

FermiAssembler::FermiAssembler()
{
    Rcpp::Rcout << "FermiAssembler constructor\n";
}

FermiAssembler::~FermiAssembler()
{
    Rcpp::Rcout << "FermiAssembler destructor\n";
}

} // SeqLib

最后，使用此类的文件：

// demo.cpp
#include "FermiAssembler.h"

// [[Rcpp::export]]
int whats_my_name() {
    SeqLib::FermiAssembler f;

    return 0;
}

在构建和安装软件包之后，它按预期工作：

library(example)
whats_my_name()
# FermiAssembler constructor
# FermiAssembler destructor
# [1] 0

更新关于“可以在顶级src/目录以外的地方拥有源文件吗？”的问题，是的，你可以，但我会通常建议不要这样做，因为它需要一个非常重要的Makevars文件。现在使用这种布局，

tree example

# example
# ├── DESCRIPTION
# ├── example.Rproj
# ├── man
# ├── NAMESPACE
# ├── R
# │   └── RcppExports.R
# ├── SeqLib
# │   ├── SeqLib
# │   │   └── FermiAssembler.h
# │   └── src
# │       └── FermiAssembler.cpp
# └── src
#     ├── demo.cpp
#     ├── Makevars
#     └── RcppExports.cpp

我们位于顶级src/目录（不 SeqLib/src）此Makevars：

PKG_CXXFLAGS= -I../SeqLib

SOURCES = $(wildcard ../SeqLib/*/*.cpp *.cpp)
OBJECTS = $(wildcard ../SeqLib/*/*.o *.o) $(SOURCES:.cpp=.o)

请注意，在上面的示例中，我们只是将所有目标文件编译到同一个共享库中。例如，如果您需要编译中间共享库或静态库并将它们链接到最终.so，那么期望您的Makevars变得更加混乱。

重建和安装，

library(example)
whats_my_name()
# FermiAssembler constructor
# FermiAssembler destructor
# [1] 0

能够引用函数但不是命名空间中的类

1 个答案: