使用Vim包管理器Vundle的时候，我得到了这个相当错误的问题：PluginUpdate命令。在进一步调查中，我已将问题缩小到submodule update操作。果然，如果我执行与Vundle日志中显示的相同的git操作，我得到其中一个包：
$ pwd
/home/mastershake/xtian/.vim/bundle/closetag.vim
$ ls -al
total 20K
drwxr-xr-x 4 xtian xtian 4.0K Apr 11 2015 .
drwxr-xr-x 24 xtian xtian 4.0K Oct 24 2015 ..
drwxr-xr-x 8 xtian xtian 4.0K Oct 31 09:05 .git
drwxr-xr-x 2 xtian xtian 4.0K Apr 11 2015 plugin
-rw-r--r-- 1 xtian xtian 1.5K Apr 11 2015 README
$ git submodule update --init --recursive
fatal: /home/mastershake/xtian/Documents.x/Employment.d/Jobs.d: '/home/mastershake/xtian/Documents.x/Employment.d/Jobs.d' is outside repository
在进一步调查中，我发现在执行相同git操作的任何地方我都会遇到同样的错误。我说它是合作伙伴，因为错误与任何个人.git回购本身无关。
git在做什么，我该如何解决？
//更新：添加了目录内容，使其更清晰。