在R中读取稀疏矩阵时出错

Question

我试图在R中读取具有对称稀疏矩阵的.mtx文件。我使用的是e1071软件包和以下命令：

read.matrix.csr("filename.mtx")

但我收到以下错误：

  

rja [，2]中的错误：下标超出范围   另外：警告信息：   在read.matrix.csr（＆＃34; soc-twitter-follows.mtx＆＃34;）：强制引入的NA

我尝试了其他.mtx文件，但我一直遇到同样的错误。有什么想法吗？

Answer 1

你确定你的mtx文件真的是csr格式吗？

如果我尝试使用e1071的read.matrix.csr从Matrix包中打开一个mtx文件，我会得到同样的错误。

但是，我可以使用Matrix :: readMM打开该文件，然后使用write.matrix.csr（来自Matrix）保存它。那时，我知道我有一个有效的csr文件，它确实可以用e1071 :: read.matrix.csr打开。

library(Matrix)
library(e1071)

e1071::read.matrix.csr(system.file("external/pores_1.mtx", package = "Matrix"))

pores <-
  Matrix::readMM(system.file("external/pores_1.mtx", package = "Matrix"))

write.matrix.csr(x = pores, file = 'pores.csr')

from.csr <- e1071::read.matrix.csr('pores.csr')