执行BLOSUM62 matix时出错

Question

我正在尝试从blosum62矩阵

中提取数据

我已完成以下代码：

from Bio.SubsMat import MatrixInfo    
blosum = MatrixInfo.blosum62    
blosum['N','D'] 

et得到以下错误：

  

追踪（最近的呼叫最后）：
  文件“＆lt; stdin＆gt;”，第1行，在＆lt; module＆gt;中   KeyError :('N'，'D'）

但在blosum62矩阵中，值为('N','D') = 1

为什么要提供KeyError？

Answer 1

我认为Blosum62是一个较低的三角形矩阵，所以如果（＆＃39; N＆＃39; D＆＃39; D＆＃39;）不起作用，那就去（＆＃39; D＆＃39;，＆＃ 39; N＆＃39）

解决方案是

pair = ('N','D')
if pair not in blosum62_matrix:
      value = blosum62_matrix[(tuple(reversed(pair)))]
else:
      value = blosum62_matrix[pair]

我认为它会奏效。

Answer 2

加入http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.SubsMat.MatrixInfo-module.html#blosum62 blosom62会返回字典。所以试试blosum[('N','D')]。