Question

我尝试使用bioconductor methylumi软件包加载IDAT，其中包含一个适用于以前文件的脚本，但是当我使用methylumIDAT时遇到以下不熟悉的错误

>mset450k <- methylumIDAT(sampleSheet$Basename, idatPath=idatPath)
0 HumanMethylation27 samples found
48 HumanMethylation450 samples found
Error in readBin(con, what = "integer", n = n, size = 4, endian = "little",  : 
   invalid 'n' argument

我不确定这是指哪个，以及如何解决它。搜索有关readBin参数的信息并没有帮助我在这种情况下理解它。

我在这里找到的最接近的问题是关于一个音频文件，其中问题似乎是文件大小： Invalid 'n' argument error in readBin() when trying to load a large (4GB+ audio file)

我之前没有使用过更大的数据集 - 事实上，当我使用不同的idats文件夹（相同数量的文件）和不同的样本表（相同格式）运行脚本时，它可以正常工作我不认为文件大小是这里的问题。

以下是完整的脚本

> idatPath<-c("idats2")
> sampleSheet<-read.csv("CrestarSampleSheet2.csv", stringsAsFactors = FALSE)
> sampleSheet<-cbind(paste(sampleSheet$CHIP.ID, sampleSheet$CHIP.Location, 
                     sep = "_"), sampleSheet) 
> colnames(sampleSheet)[1]<-"Basename"
> mset450k <- methylumIDAT(sampleSheet$Basename, idatPath=idatPath)

Answer 1

我已经解决了这个问题。问题是我的文件夹中的一个idat文件在加载之前没有完全下载（我的计算机在下载过程中崩溃了）。

我通过加载具有单个文件名的文件（大批量，然后逐渐变小的批次）来确定它是哪一个，例如。

mset450k <- methylumIDAT(c("200397870043_R01C02", "200397870043_R02C02",      
                           "200397870043_R03C02", "200397870043_R03C01")
                            ,idatPath=idatPath)

使用methylumIDAT时出错，readBin

1 个答案: