按顺序重命名fasta标头

Question

我有多个fasta文件，每个文件有8个标题，总是按照相同的顺序（在物种方面）。例如，它就像

 grep -o -E "^>\w+" batch1.seq

 jgi
 jgi
 augustus_masked
 augustus_masked
 augustus_masked
 jgi
 augustus_masked
 augustus_masked

和

 grep -o -E "^>\w+" batch2.seq

给出

jgi
jgi
maker
maker
maker
jgi
maker
maker

无论标题如何，我都要将文件夹中文件的所有fasta标题（数量为8）重命名为

Ara
Soy
Gly
Tom
Whe
Cor
Nat
Blu

Answer 1

awk救援！

awk 'NR==FNR{names[NR]=$0; next} 
        /^>/{$1=">"names[++c]}1' names fasta > fasta.new

使用脚本时，请将新标题列表保留在文件names中。