从igraph中的图形中删除未连接的短路径

Question

我正在使用igraph中的网络，我有一个网络，其中有短的连接节点，彼此重叠，所以我们不要exaclt看到边缘。我想删除这样的短连接节点，因为它们没有连接到主网络。由于节点不是0度，因此度数不起作用，它们或者连接到一个或多个基因但仍然不在主网络中。即使主网络显示一些重叠基因，我也想纠正它。

 net <- simplify(InnatedGraph, remove.multiple = T, remove.loops = T, ) 
 bad.vs<-V(net)[degree(net) == 0] 
 net <-delete.vertices(net, bad.vs)
 plot(net,vertex.label=NA, edge.curved=.1, edge.width = 1,edge.arrow.width = 0.3,vertex.size = 3,asp=-1,edge.arrow.size = 0.5,vertex.label.cex = 0.3)

完成所有这些后，我得到了一个像

这样的网络

您在主网络周围看到的基因不是孤立的节点，而是连接到其他重叠的节点。是否有办法删除这些基因并防止主网络重叠。

Answer 1

你想要main component。首先，找到组件，然后根据这些组件对图形进行子集化。 g是你的网络：

V(g)$comp <- components(g)$membership
main <- induced_subgraph(g,V(g)$comp==1)

就重叠节点而言，请查看igraph中可用的不同布局。 ?igraph::layout。

注意：查看@ hermidalc的答案。最大的组件不一定是第一个提取的组件。

Answer 2

您需要主要/最大的组件，不一定是id == 1的第一个组件

main <- induced_subgraph(
  g, V(g)[components(g)$membership == which.max(components(g)$csize)]
)