Question

我想迭代linux中我目录中的几个文件，如下所示：

SRR057629_1.fastq.gz SRR057629_2.fastq.gz SRR057630_1.fastq.gz     
SRR057630_2.fastq.gz SRR057631_1.fastq.gz SRR057631_2.fastq.gz
SRR057632_1.fastq.gz SRR057632_2.fastq.gz SRR057633_1.fastq.gz
SRR057633_2.fastq.gz

我面临的挑战是，我需要SRR..._1和SRR..._2作为一个命令（tophat2）的输入，然后接下来的几个SRR***_1和SRR***_2同样的命令。原则上它看起来像这样：

tophat2 -G /Homo_sapiens/UCSC/hg19/Annotation/Genes/genes.gtf /Homo_sapiens /UCSC/hg19/Sequence/Bowtie2Index/genome SRR057636_1.fastq.gz SRR057636_2.fastq.gz
tophat2 -G /Homo_sapiens/UCSC/hg19/Annotation/Genes/genes.gtf /Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/Bowtie2Index/genome SRR057637_1.fastq.gz SRR057637_2.fastq.gz

那我怎么能为每个命令改变这些数字（粗体）？

SRR0576**29**_1.fastq.gz

SRR0576**29**_1.fastq.gz

祝福，西蒙

Answer 1

for a in *_1.fastq.gz; do
   tophat2 -G /Homo_sapiens/UCSC/hg19/Annotation/Genes/genes.gtf /Homo_sapiens /UCSC/hg19/Sequence/Bowtie2Index/genome $a ${a/_1/_2}
done

使用标题中的不同数字迭代linux中的文件

1 个答案: