coxph：＆＃34; ** if（any（infs））警告错误（粘贴（＆＃34; Loglik在变量＆＃34之前收敛;，：缺少值需要TRUE / FALSE＆＃34; **

Question

我正在使用coxph()函数执行多点触摸归因问题。它是一个包含大约100万个数据的大型数据集，但目前我正在运行~100000的子集。 我已从数据中删除了所有缺失的值。我收到了错误

Error in if (any(infs)) warning(paste("Loglik converged before variable ", 
 :missing value where TRUE/FALSE needed

这是Cox功能：

SurvObj <- Surv(Final_Data$NormalizedStartTime,Final_Data$NormalizedEndTime,event = Final_Data$Converted)

model2 <- coxph(SurvObj ~  Clicks + RFR + Impressions + Other + `Site-ID` + `Creative-ID`, data = Final_Data1)

先谢谢你的帮助:) The Error and the Summary of Final_Data

Answer 1

以上一行，＆＃34; Loglik＆＃34;等等，是为了提供有关可疑测试的信息，其中loglik先于收敛。 正确生成的整行应该类似于以下内容：

＆＃34; Loglik在变量100之前收敛; beta可能是无限的。＆＃34;

它由agreg.Rnw中的以下代码生成 https://r-forge.r-project.org/scm/viewvc.php/pkg/survival/noweb/agreg.Rnw?diff_format=c&sortdir=down&sortby=author&revision=11529&root=survival&view=markup

if (any(infs))
        warning(paste("Loglik converged before variable ",
                      paste((1:nvar)[infs],collapse=","),
                  "; beta may be infinite. "))

从这里我们可以看到any（）会期望infs是一个数字。如果infs是NaN，则该功能将无效。

内部部分的功能如下：

paste("Loglik converged before variable ",
                      paste((1:1)[NaN],collapse=","),
                  "; beta may be infinite. ")
[1] "Loglik converged before variable  NA ; beta may be infinite. "

所以函数的这部分会运行，如果它可以到达内部部分。但是，自从评估

以来，它没有

infs <- NaN
if (any(infs))
warning(paste("Loglik converged before variable ",
                      paste((1:nvar)[infs],collapse=","),
                  "; beta may be infinite. "))

Error in if (any(infs)) warning(paste("Loglik converged before variable ",  : 
missing value where TRUE/FALSE needed

你遇到的确切错误。之前通过infs＆lt; -abs（agfit $ u％*％var）生成infs变量。 agfit是通过.Call（Cagfit4 .....）生成的，所以问题在于函数的底层C代码。

对于我的一些数据，agfit $ u和agfit $ imat都是NaN。 $ u和$ imat是从

生成的

u2 =    SET_VECTOR_ELT(rlist, 1, allocVector(REALSXP, nvar));
u = REAL(u2);

和

PROTECT(imat2 = allocVector(REALSXP, nvar*nvar));
nprotect =1;
if (NAMED(covar2)>0) {
    PROTECT(covar2 = duplicate(covar2)); 
    nprotect++;
    }
covar= dmatrix(REAL(covar2), nused, nvar);
imat = dmatrix(REAL(imat2),  nvar, nvar);

分别在agfit4 C代码中。我在C中不是那么好，所以我不能说C代码区域有什么问题。它可能是一个错误，或者Cox功能不适用于您的数据或两者兼而有之。然而，应该做些什么，因为我已经看到其他人也在询问这个错误。但不幸的是，我没有足够的技巧来解决这个问题，我只能指出这个问题并且大声吼叫！嘿！别人请照顾这个＆＃34; ： - 。）

我可能的解决方案是：

1）检查您的数据是否完全可用于Cox功能（例如，如果您有2000个0和2个案例的1，则Cox功能可能不适合，并且错误表明您找到另一种方式分析:-)）

2）修改代码以通过删除NA来执行任何（infs）评估，从而导致FALSE并通过以下内容跳过错误：     如果（任何（infs，na.rm = T））（可能搞砸了代码，那么）

3）修复C代码，使agfit4不在输出对象中产生NaN。 （仅限技术人员，而非我）

Answer 2

我也有这个问题。结果我的一个变量中有无限值。一旦我替换了这些值，问题就解决了