闪亮应用中的生存情节

时间:2016-10-17 16:49:49

标签: r shiny survival-analysis

我试图在一个闪亮的应用程序中绘制生存情节。在其他探索性图表中,UI有两个selectInput()块,用户可以在其中选择“事件”类型。像肾功能衰竭,浆细胞瘤等,第二个输入用于计算时间间隔。部分UI代码是:

 selectInput(inputId="event",
             label = "Event",
             choices = c("RenalFailure","Plasmacytoma","RemissionStatusPreTx","RemissionStatusPostTx",
                                                    "TotalNoTherapy","ISS")
                          ),
                          selectInput(inputId="analysis",
                                      label="Period for analysis",
                                      choices=c("From date of transplant"="TD",
                                                "From date of relapse"="TD_R")

                          ),

在服务器中,我使用的代码是:

output$events <- renderPlot({
if(input$analysis=='TD'){
fit_RF <- survfit(Surv(TD,cenin_dead)~input$event,data=rlp_data)
ggsurvplot(fit_RF,risk.table = T,risk.table.height = 0.4,pval = T)
} else{
  fit_RF <- survfit(Surv(TD_R,relapse)~input$event,data=rlp_data)
  ggsurvplot(fit_RF,risk.table = T,risk.table.height = 0.4,pval = T)
}

})

这给了我一个错误Error in model.frame.default: variable lengths differ (found for 'input$event')。我用Google搜索了这个错误但老实说,无法做出太多贡献。我尝试提供论证na.action=na.omit,但没有快乐。如果我将input$event硬编码到它返回的实际值(例如,RenalFailure),则绘图呈现。在这里相当无能为力,并希望得到一些指导。

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