Question

使用GitHub，我们可以在线存储我们的代码，而使用Jupyter笔记本，我们只能执行一段Python代码。我想一起使用它们。我能够使用存储在我的计算机上的Jupyter笔记本编辑代码。但是，我无法找到一种方法来运行存储在GitHub上的代码。所以，你知道一种方法吗？

以下是一些例子： https://github.com/biolab/ipynb/blob/master/2015-bi/lcs.ipynb https://github.com/julienr/ipynb_playground/blob/master/misc_ml/curse_dimensionality.ipynb https://github.com/rvuduc/cse6040-ipynbs/blob/master/01--intro-py.ipynb

Answer 1

1。如果您只想运行在Github或Gist中托管的Python代码：

如tip# 8 here中所述，IPython Magic命令%load将使用外部脚本替换Jupyter笔记本单元格的内容。

来源可以是您计算机上的文件或网址使用Github或Gist托管脚本的技巧是将其指向原始代码的URL。您可以通过浏览GitHub上的脚本并在代码上方的工具栏中按Raw轻松获取该URL。结合从地址栏中提取的内容，得到以下内容：

%load https://raw.githubusercontent.com/dib-lab/khmer/master/scripts/fastq-to-fasta.py

当您在Jupyter笔记本单元格中执行代码时，会将代码拉入笔记本的命名空间有关通过GitHub或Gists here和here使用原始代码的更多信息。有关其他魔术命令的更多信息，请参见here。

同样，如果要将脚本作为文件引入，可以使用%run（或从等效的命令行）在笔记本中调用，在笔记本单元格和脚本中使用curl将被添加到当前目录。

!curl -O https://raw.githubusercontent.com/dib-lab/khmer/master/scripts/fastq-to-fasta.py

2。如果你想运行放在GitHub上的笔记本：

或者，如果您希望其他人能够轻松运行该笔记本查看本自然文章MyBinder.org中突出显示的here。可以在here，here和here找到有关该服务的更多信息。

在MyBinder.org页面上，您可以将服务指向任何Github存储库。但需要注意的是，除非它在笔记本中是相当普通的python，否则你会遇到依赖问题。您可以根据here和here的指示进行设置这是为了在我分配一个尚未设置为最初使用Binder系统的一个之后生成this launchable repo。另一个例子，这个基于a gist shared on a twitter exchange的R代码可以看作here。

使用它，您可以获得一个Launch Binder徽章，您可以将其添加到存储库并随时启动它。查看可以启动here的示例。

Answer 2

Github是一个用于版本和源代码控制的工具，您需要将代码的副本提供给本地环境。

有一个初学者的教程here

一旦您设置了github帐户并定义了本地和远程存储库，您就可以使用git checkout检索代码。进一步说明在教程

中

如何在GitHub上保存代码文件并在Jupyter笔记本上运行？

2 个答案:

1。如果您只想运行在Github或Gist中托管的Python代码：

2。如果你想运行放在GitHub上的笔记本：