我有2个文件,我想根据3列将它们合并为一个。 文件1看起来像这样
chr1 10 15 256 123
chr2 20 40 12 1
FIle 2看起来像这样
chr1 10 15 100 90
chr2 20 40 17 23
我的文件没有标题。我想在前3列(2个文件中的坐标是相同的)中组合2个文件并输出类似的结果
chr1 10 15 256 100
chr2 20 40 12 17
所以基本上前3列是常量,第4和第5列基本上是相应文件的第4列。
我怎样才能在R?
中这样做我试过这个
file1 <- read.table('rtestfile1.txt', sep="\t",header=F)
file2 <- read.table('rtestfile2.txt', sep="\t",header=F)
total <- merge(file1,file2,by=c(V1,V2,V3))
它给了我一个错误说:
fix.by(by.x,x)出错:找不到对象'V1'
答案 0 :(得分:1)
尝试total <- merge(file1[, 1:4], file2[, 1:4], by = c("V1", "V2", "V3"))
使用[, 1:3]
,因为不希望每个文件的第四列。 by
参数是要合并的文件中相同列的名称。