Question

我有一个像这样的DNA序列列表：非常小的例子：

> seq = ['ATGGCGGCGCGA', 'GCCTCTGCCTTG', 'CTGAAAACG']

如果你将每个序列中的字符数除以3，你就得到偶数。我也有这本字典，它是密码子和氨基酸。

gencode = {
        'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M', 'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T',
        'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K', 'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R',
        'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L', 'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P',
        'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q', 'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R',
        'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V', 'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A',
        'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E', 'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G',
        'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S', 'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L',
        'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'_', 'TAG':'_', 'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'_', 'TGG':'W'}

我想用它的氨基酸（它在上面的字典中的值）替换每个密码（3个字符）。小例子的结果如下：

AA : ['MAAR', 'ASAL', 'LKT']

你知道怎么做吗？

Answer 1

你可以用列表理解做一个班轮：

seq = ['ATGGCGGCGCGA', 'GCCTCTGCCTTG', 'CTGAAAACG']
gencode = {
        'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M', 'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T',
        'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K', 'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R',
        'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L', 'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P',
        'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q', 'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R',
        'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V', 'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A',
        'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E', 'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G',
        'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S', 'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L',
        'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'_', 'TAG':'_', 'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'_', 'TGG':'W'}

res = [''.join(gencode[s[i:i+3]] for i in range(0, len(s), 3)) for s in seq]
print(res)

输出：

['MAAR', 'ASAL', 'LKT']

Answer 2

当然（也许有更多的pythonic方式，但这很简单并且有效）：

seq = ['ATGGCGGCGCGA', 'GCCTCTGCCTTG', 'CTGAAAACG']
gencode = {
        'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M', 'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T',
        'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K', 'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R',
        'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L', 'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P',
        'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q', 'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R',
        'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V', 'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A',
        'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E', 'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G',
        'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S', 'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L',
        'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'_', 'TAG':'_', 'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'_', 'TGG':'W'}

total_result = []
for s in seq:  # for each item
    # listcomp to decompose & create char list
    result = [gencode[s[i:i+3]] for i in range(0,len(s),3)]
    total_result.append("".join(result))  # append as string

print(total_result)

结果：

['MAAR', 'ASAL', 'LKT']

Answer 3

定义一个辅助生成器，将一个iterable分成长度为3的块：

def chunks(xs, n):
    for i in range(0, len(xs), n):
        yield xs[i:i + n]

用相应的氨基酸替换每个块并将它们组合在一起：

result = [''.join(gencode[c] for c in chunks(s, 3)) for s in seq]

这会产生：

In [1]: result
Out[1]: ['MAAR', 'ASAL', 'LKT']

从dict调用值并更改列表中的值

3 个答案: