要解决的主要问题

Question

我在服务器上运行的R中有许多无人值守的批处理作业，我必须在运行后分析作业失败。

我正在尝试捕获错误以记录它们并优雅地从错误中恢复但我无法获得堆栈跟踪（traceback）来记录导致R命令的代码文件名和行号错误。一个（愚蠢的）可重复的例子：

f <- function() {
  1 + variable.not.found    # stupid error
}

tryCatch( f(), error=function(e) {
  # Here I would log the error message and stack trace (traceback)
  print(e)            # error message is no problem
  traceback()         # stack trace does NOT work
  # Here I would handle the error and recover...
})

运行上面的代码会产生以下输出：

f（）中的simpleError：object＆＃39; variable.not.found＆＃39;找不到

无可追溯

回溯不可用，原因记录在R帮助（?traceback）中：

通过try或tryCatch捕获的错误不会生成回溯，所以打印的是最后一个的调用序列未被捕获的错误，并不一定是最后一次错误。

换句话说：使用tryCatch捕获错误确实会导致堆栈跟踪！

我怎么能

处理错误和
记录堆栈跟踪（追溯）以供进一步检查
[可选]不使用未保证在将来有效的未记录或隐藏的R内部函数？

THX很多！

Answer 1

很抱歉答案很长，但我想在一个答案中总结所有知识和参考资料！

要解决的主要问题

tryCatch将“调用堆栈”“展开”到tryCatch调用，以便traceback和sys.calls不再包含完整堆栈跟踪以标识源导致错误或警告的代码行。
tryCatch aborts the execution if you catch a warning通过传递warning条件的处理函数。如果您只想记录警告，则无法正常继续执行。
dump.frames写入堆栈跟踪的评估环境（框架）以允许事后调试（=检查每个函数调用中可见的变量值），但dump.frames "forgets" to save the workspace too if you set the parameter to.file = TRUE。因此可能缺少重要的物体。
找到一个简单的日志记录框架，因为R不支持开箱即用的正确日志记录
使用源代码行丰富堆栈跟踪。

解决方案概念

使用withCallingHandlers代替tryCatch获取指向引发错误或警告的源代码行的完整堆栈跟踪。
仅在withCallingHandlers内（不在tryCatch内）捕获警告，因为它只调用处理函数但不会更改程序流。
使用withCallingHandlers环绕tryCatch以捕获并处理所需的错误。
使用带有参数dump.frames的{{1}}将转储写入名为to.file = FALSE的全局变量，并通过调用{{1}将其与全局环境一起保存到文件中}。
使用日志框架，例如： G。包last.dump。
当您设置save.image时，R会跟踪源代码引用。您可以将此选项添加到futile.logger文件中，也可以使用设置此选项的启动R脚本，然后使用options(keep.source = TRUE)实际的R脚本。
要使用跟踪的源代码行丰富堆栈跟踪，您可以使用未记录的（但广泛使用的）函数.Rprofile。
要从堆栈跟踪中过滤掉R内部函数调用，您可以删除所有没有源代码行引用的调用。

实施

代码模板

您应该使用此代码段：

source

limitedLabels

通过包（`tryCatch`）

我已经实现了一个包含上述所有概念的简单包。它使用library(futile.logger) tryCatch( withCallingHandlers(<expression>, error = function(e) { call.stack <- sys.calls() # is like a traceback within "withCallingHandlers" dump.frames() save.image(file = "last.dump.rda") flog.error(paste(e$message, limitedLabels(call.stack), sep = "\n")) } warning = <similar to error above> } error = <catch errors and recover as you would do it normally> # warning = <...> # never do this here since it stops the normal execution like an error! finally = <your clean-up code goes here> }包提供函数tryCatchLog。

用法：

tryCatchLog

您可以在github上找到免费的源代码：

https://github.com/aryoda/tryCatchLog

你也可以futile.logger tryCatchLog function而不是使用完整的套餐。

示例（演示）

请参阅提供大量评论的demo file来解释其工作原理。

参考

其他`library(tryCatchLog) # or source("R/tryCatchLog.R") tryCatchLog(<expression>, error = function(e) { <your error handler> })`替换

使用功能记录警告和错误，以便在try catch执行多次尝试（重试），例如： G。用于访问不可靠的网络驱动器：

Handling errors before warnings in tryCatch
source函数，不依赖于其他包，这些包也使用tryCatch丰富了对调用堆栈的源代码引用：

Printing stack trace and continuing after error occurs in R