Question

问题： 我需要从文本文件中提取数值，并将字符串转换为数值。

例如，在我的文本文件中：

Yada yada yada ...

基频：0.247 0.355 0.158 0.261

等等等等......

alpha [0]：0.466477 rate [0] ac ag at cg ct gt：0.0987 2.4837 0.4734 0.4902 0.2713 1.0000

更多的话...... 文本文件结束。

我需要退出：基数（向量，应为（0.247,0.355,0.158,0.261）） alpha（一个应该等于0.466477的变量）速率（矢量应该等于（0.0987,2.4837,0.4734,0.4902））

我做了什么

library(tm)
#Read in text file
myfile <- "RAxML_info.gtr1"
mdata <- readLines(my file)
cline <- grep("Base frequencies:",mdata,value=TRUE)
as.vector(gsub("Base frequencies: ", "", cline))

[1]“0.247 0.335 0.158 0.261”

这只是作为一个字符串处理，我不能让它成为数值的向量。

使用RStudio和R版本3.3.1

Answer 1

根据@ HubertL的评论，您可以使用strsplit从您所在的位置到达您想去的地方：

line <- "0.247 0.335 0.158 0.261 "
line <- strsplit( line, split = " " )[[1]]
line <- as.numeric( line )

line
[1] 0.247 0.335 0.158 0.261

Answer 2

output <- "0.247 0.335 0.158 0.261 " 
as.numeric(unlist(strsplit(output, " ")))
[1] 0.247 0.335 0.158 0.261

Answer 3

我们可以使用scan

scan(text=output, what = numeric(), quiet=TRUE)
#[1] 0.247 0.335 0.158 0.261

数据

output <- "0.247 0.335 0.158 0.261 "

从R

3 个答案:

数据