加速R中的数据读取

时间:2016-10-01 01:24:40

标签: r linux io cut

我的R代码中有以下行:

pipeline=sprintf("cut -f %i-%i %s", jcol1, jcol2, fname)
Ys <- as.matrix(read.table(pipe(pipeline)))

大约需要3秒钟。现在,当我将关联的cut行硬编码到我的Linux终端并管道传输到/dev/null时:

time cut -f 2-5000 filename.txt > /dev/null

我发现这需要0.631秒,这告诉我实际读取文件并不需要很长时间。

我的R代码的哪个方面花了这么长时间,我怎样才能提高速度?

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