在Windows 10 Pro 64位周年纪念版上，我从Zip文件（而不是安装程序）安装了全新的Eclipse 4.6。升级功能说4.6.1可用并升级。现在，当我尝试访问Git远程存储库（使用HTTPS）时，它会询问我的用户名和密码（它已有）。我输入了正确的信息，它给了我一个401 Unauthorized。
其中一条日志消息是“已保存的密码无法迁移到安全存储。未安装已弃用的授权类（org.eclipse.core.runtime.compatibility.auth）。”我不知道这意味着什么，或者它是否相关。
我注意到Eclipse 4.6.1在我的项目文件夹中创建了那个愚蠢的RemoteSystemsTempFiles目录，即使我在设置中的“启动和关闭”中关闭了“RSE UI”。我删除了那个文件夹，就像我之前使用Eclipse 4.6.0一样。我稍后将该设置重新打开，以便重新生成愚蠢的文件夹，但它仍然不起作用。
我可以使用Git命令行客户端版本2.10.0.windows.1来git pull等。 TortoiseGit也可以正常使用。
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听起来你在Neon.1（又名4.6.1）遇到了recently discovered bug。该bug中的讨论非常具有技术性和杂草性，但正在讨论几种方案来解决问题（参见this message）。其中之一是使用新的更新站点更新MPC部分 - 这是任何用户都可以自己做的事情，而无需等待Eclipse项目决定“全局”补救措施。