使用dendextend

Question

我正在使用dendextend在R中绘制Tanglegrams。我想知道是否可以使用par(mfrow = c(2,2))绘制多个子图？

我似乎无法弄明白。

由于

library(dendextend)
dend15 <- c(1:5) %>% dist %>% hclust(method = "average") %>% as.dendrogram
dend15 <- dend15 %>% set("labels_to_char")
dend51 <- dend15 %>% set("labels", as.character(5:1)) %>% match_order_by_labels(dend15)
dends_15_51 <- dendlist(dend15, dend51)

par(mfrow = c(2,2))
tanglegram(dends_15_51)
tanglegram(dends_15_51)
tanglegram(dends_15_51)
tanglegram(dends_15_51)

Answer 1

tl; dr：无法将par(mfrow=...)与函数tanglegram一起使用，但可以使用layout。

说明：如果您仔细查看功能tanglegram，您会看到（methods(tanglegram)）下面有几种方法，其中包括{ {1}}被调用来绘制纠缠图（在dendextend:::tanglegram.dendrogram函数中可以看到）。

在此功能中，可以调用dendextend:::tanglegram.dendlist：

layout

这＆＃34;擦除＆＃34;您先前的layout(matrix(1:3, nrow = 1), widths = columns_width) 设置并将其更改为par(mfrow=c(2, 2))（仅适用于函数的＆＃34;时间＆＃34;但因为在函数结束时，值会重置...） 。

确实，在c(1, 3)的帮助页面中，它说：

  

这些功能与在设备上排列图的其他机制完全不兼容：par（mfrow），par（mfcol）和split.screen。

结论：如果你想在同一个＆＃34;窗口＆＃34;中绘制几个纠结图。在调用layout之前，您需要使用layout调用（包含12个子部分：2行和6列），并禁止tanglegram内的layout调用使用参数tanglegram。

绘制多个纠结图的示例：

使用下面的代码，您可以获得所需的绘图（我为布局设置了函数的默认宽度）：

just_one=FALSE

这是通过更新dendextend软件包完成的，其中：我修改了2个函数layout(matrix(1:12, nrow=2, byrow=TRUE), widths=rep(c(5, 3, 5), 2)) tanglegram.dendlist_mod(dends_15_51, just_one=FALSE) tanglegram.dendlist_mod(dends_15_51, just_one=FALSE) tanglegram.dendlist_mod(dends_15_51, just_one=FALSE) tanglegram.dendlist_mod(dends_15_51, just_one=FALSE) 和tanglegram.dendrogram以添加tanglegram.dendlist参数，默认为just_one并更改TRUE中的layout行：

tanglegram.dendrogram

我还禁止重置 if (just_one) layout(matrix(1:3, nrow = 1), widths = columns_width) 参数，当然也改变了par（现在称为tanglegram.dendlist）中的调用，因此调用了新的修改函数，并合并了tanglegram.dendlist_mod }参数并将其传递给修改后的just_one函数。

Answer 2

您可以创建多个图并在将它们放入文档时进行排列，而不是在单个图形设备中创建组合图。 knitr包可以轻松完成此操作，方法是使用fig.show = "hold"保留单个R块中生成的多个绘图并指定相关的out.width，例如.Rmd。 50％连续两个图，用于将图放在文档中。

例如，在R markdown（```{r, fig.show = "hold", out.width = "50%", echo = FALSE} suppressPackageStartupMessages(library(dendextend)) dend15 <- c(1:5) %>% dist %>% hclust(method = "average") %>% as.dendrogram dend15 <- dend15 %>% set("labels_to_char") dend51 <- dend15 %>% set("labels", as.character(5:1)) %>% match_order_by_labels(dend15) dends_15_51 <- dendlist(dend15, dend51) tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1) plot.new() tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1) plot.new() tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1) plot.new() tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1) ``` ）文件中，您可能有

knit

当dendextend加入HTML时，如下所示：

我对代码进行了一些修改：

• 来自margin_outer。
的抑制包启动消息
• 增加默认plot.new()以避免来自相邻地块的x轴标签重叠。
• 在对tanglegram的调用之间添加了tanglegram，否则下一个绘图将绘制在前一个绘图之上（这是layout使用.Rnw的结果在制作多个地块时通常不需要这样做。）

可以在{{1}}文件中使用相同的方法。如果您正在编译为PDF（通过LaTeX），您可以添加数字标题和子标题，有关详细信息，请参阅knitr demo #067 - Graphics Options。