os.system不会查看我路径中的程序

Question

在python脚本中调用程序时遇到问题。给我带来问题的程序是我在我的计算机上手动安装的程序，然后将它们添加到.bashrc文件的路径中。使用'sudo apt-get install some_program'安装的程序不会给我任何问题

以下列方式添加到我的.bashrc文件的程序：

#path to fastqc 
export PATH=$PATH:/home/bioinfor3/bin/FastQC/
#path to fastx-toolkits
export PATH=$PATH:/home/bioinfor3/bin/fastx/

在我的PyCharm中，我使用os模块以下面的方式调用这些程序：

os.system('fastqc seq.fastq')

我收到此错误

sh: 1: fastqc: not found

我想这与sh路径或其他东西有关，但我无法使其工作

编辑：

如果从终端启动Pycharm，它会使用我的个人路径继承bashrc文件并且可以正常工作

Answer 1

可能这种情况正在发生，因为你已经修改了你的登录环境以调整你的PATH，但是这个更新的路径并没有被运行PyCharm的shell看到，或者PyCharm似乎在某种程度上使它无效。 / p>

首先应验证

os.system('/home/bioinfor3/bin/FastQC/fastqc seq.fastq')

按照您的预期运作（没有理由不应该这样做，但值得检查）。

从this answer开始，默认情况下，PyCharm不会将bash用于其shell，而是tcsh。因此，它没有在bash上看到您要执行的设置。