树形图层次聚类的不同可视化

Question

我希望能够将形状一个在另一个内部的层次聚类可视化。亮度级别表示层次结构的级别。 让我用一个例子向你展示我的想法：

# Clustering small proportion of iris data   
clusters <- hclust(dist(iris[20:28, 3:4]), method = 'average')
# Visualizing the result as a dendogram    
plot(clusters)

现在我们可以将树形图转换成如下。

是否有任何R包可以产生类似的东西？

Answer 1

这只是部分答案。您可以使用clusplot包中的cluster来获得某种方向。您可以通过更改clusplot的来源（类型getAnywhere(clusplot.default)来获取源代码）来改进这一点。但是让你的气泡不重叠可能是一些工作。无论如何，这是你从clusplot获得的情节。一次一个地查看各个图而不是一起显示它们也可能是有意义的。

# use sample data
df <- iris[20:28, 3:4]
# calculate hierarchical clustering
hfit <- hclust(dist(df), method = 'average')
# plot dendogram
plot(hfit)
# use clusplot at all possible cutoffs and show on top of each other.
library(cluster)
clusplot(df, cutree(hfit, 1), lines = 0)
for (i in 2:nrow(df)){
  clusplot(df, cutree(hfit, i), lines = 0, add = TRUE)
}