Question

我有一个包含列名的数据框列表，我想用一些字符串替换掉，但我无法做到。

list:
[1]
cpg value.TCGA.06.5415.01A     value.TCGA.02.0003.01A   value.TCGA.16.1062.01A
cg02726808  0.934641544 NA  NA
cg04243127  0.8828403   NA  NA
[2]
cpg value.TCGA.QH.A6CV.01A  value.TCGA.E1.A7Z4.01A  value.TCGA.E1.5303.01A
 cg02726808 0.938556343 0.92163563  0.959269597
 cg04243127 0.886928811 0.842963126 0.937700666
[N]
.....

Desired output:
    list:           
[1]         
cpg 06.5415.01A 02.0003.01A 16.1062.01A
cg02726808  0.934641544 NA  NA
cg04243127  0.8828403   NA  NA
[2]         
cpg QH.A6CV.01A E1.A7Z4.01A E1.5303.01A
cg02726808  0.938556343 0.92163563  0.959269597
cg04243127  0.886928811 0.842963126 0.937700666
[N]         
.....

我试着写下以下内容：

lapply(lst, function(x) { gsub("value.TCGA.", "", colnames(lst[[x]]))})

R Studio中的错误：

Error in llis1[[xy]] : invalid subscript type 'list'
Called from: is.data.frame(x)
Browse[1]>

我不明白它是什么。谢谢你的帮助。

Answer 1

我们可以使用setNames将列名替换为sub中的新列名。

lapply(lst, function(x) setNames(x, sub("value.TCGA.", "", names(x))))

如果是'value.TCGA'，则另一个选项是substring。除了第一个列之外，所有列名中的position都是相同的。

lapply(lst, function(x) setNames(x, c("cpg", substring(names(x)[-1], 12)))

Answer 2

尝试

git clone git@github.com:MY_USER/MY_PROJECT.git MY_FOLDER

在这种情况下，

lapply(lst, function(x) { colnames(x) <- gsub("value.TCGA.", "", colnames(x)) return(x) })是x的元素，而不是lst元素的索引。因此，在您的代码中，您正尝试lst。从这里开始，错误信息应该是有意义的。

R gsub列表中所有数据帧中的列名称

2 个答案: