Question

我正在使用多个文件，我希望在进一步处理管道之前将其连接起来。通常我需要连接1到3个不同的文件对，但偶尔会有超过3对。我想用条件调整我的脚本，所以不要使用绝对数字，我只是传递一个条件（1或大于1个文件）来连接。我想知道是否有人能给我一个提示：

if [ $no_lanes -eq "1" ]; then
        fq_align_1=$lane1_pair1
        fq_align_2=$lane1_pair2
fi

if [ $no_lanes -eq "2"  ]; then
        cat $lane1_pair1 $lane2_pair1 > "$sampleID"_cat1.fq
        cat $lane1_pair2 $lane2_pair2 > "$sampleID"_cat2.fq
        fq_align_1="$sampleID"_cat1.fq
        fq_align_2="$sampleID"_cat2.fq
fi

if [ $no_lanes -eq "3" ]; then
        cat $lane1_pair1 $lane2_pair1 $lane3_pair1 > "$sampleID"_cat1.fq
        cat $lane1_pair2 $lane2_pair2 $lane3_pair3 > "$sampleID"_cat2.fq
        fq_align_1="$sampleID"_cat1.fq
        fq_align_2="$sampleID"_cat2.fq
fi ....

Answer 1

如果我正确理解了这个问题，那么一个简单的for循环就可以了。

cat "$lane1_pair1" > "$sampleID"_cat1.fq
cat "$lane1_pair2" > "$sampleID"_cat2.fq

for (( n=2; n<=no_lanes; n++ )) {
        pair1var=lane${n}_pair1
        pair2var=lane${n}_pair2
        cat "${!pair1var}" >> "$sampleID"_cat1.fq
        cat "${!pair2var}" >> "$sampleID"_cat2.fq
}

fq_align_1="$sampleID"_cat1.fq
fq_align_2="$sampleID"_cat2.fq

编辑：修复了循环中的变量间接。出于某种原因，我在想我是在循环中制作文件名。然而，它实际上是在制作变量名。这样做可以使用$ {！...}扩展来轻微间接。

有条件的bash用于连接多个文件

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