Question

我有一个包含已经分成行的序列的文件，如下所示：

CGCCCATGGGTCGTATACGTAATGGGAAAACAAAGCATGGTGTAACTATGGTAAGTGCTA
GACAATACAAGAAGGCTGATATTTGTAGAATAATTCATTTGAATTATTATGCTGTAAATA
GCTAGATTATTATGCATAATTACTTTGAGAGGTGATCAATCAATTCGACCCTTGCCAATT

我想在此文件中搜索特定模式，例如GCTGTAAATAGCTAGATTA。问题是图案可能会在不可预测的地方换行。

我可以使用：

grep -e "pattern" file

但它无法避免＆＃34;新线＆＃34;性格并没有给出结果。如何修改我的命令以忽略搜索中的\n？

编辑：我不知道我的查询是否存在于文件中，如果存在，我不知道它存在于何处。

我想到的最佳解决方案是

tr -d '\n' < file | grep -e "CTACCCCAGACAAACTGGTCAGATACCAACCATCAGCGAAACTAACCAAACAAA"

但我知道应该有更有效的方法来做到这一点。

Answer 1

pattern="GCTGTAAATA"$'\n'"GCTAGATTA"  # $'\n' is Bash's way of mentioning special chars 
grep -e "$pattern" file

OR

pattern="GCTGTAAATA
GCTAGATTA"   # with an actual newline at the end of the first line
grep -e "$pattern" file

如何在grep中刮掉行尾？

1 个答案: