Question

我正在尝试使用mpi4py来调用mpi可执行文件的第二个实例。

我收到错误：

Open MPI does not support recursive calls of mpirun

但我的印象恰恰是Spawn应该能够处理的 - 即设置一个新的通信器，在其中可以启动另一个mpi命令。

测试代码：

parent.py：

#!/usr/bin/env python
from mpi4py import MPI
import numpy
import sys


rank = MPI.COMM_WORLD.Get_rank()
new_comm = MPI.COMM_WORLD.Split(color=rank, key=rank)
print(new_comm.Get_rank())
new_comm.Spawn(sys.executable,
                           args=['test.py'],
                           maxprocs=4)

调用test.py：

#!/usr/bin/env python
from mpi4py import MPI
import numpy
import os
import sys

comm = MPI.Comm.Get_parent()
rank = comm.Get_rank()

cwd=os.getcwd()
directory=os.path.join(cwd,str(rank))
os.chdir(directory)


os.system('{}'.format('mpirun -np 4 SOME_MPI_EXECUTABLE_HERE'))



print("Finished in "+directory)
os.chdir(cwd)

comm.Disconnect()

我正在使用：

mpirun --oversubscribe -np 1 parent.py

将openmpi 2.0.0与gcc和python / 3.4.2一起使用

任何人都有任何明智的想法，为什么会发生这种情况......

谢谢！

Answer 1

以下代码似乎按照我想要的方式执行。

#!/usr/bin/env python
from mpi4py import MPI
import numpy
import sys
import os

rank = MPI.COMM_WORLD.Get_rank()
new_comm = MPI.COMM_WORLD.Split(color=rank, key=rank)
print(new_comm.Get_rank())

cwd=os.getcwd()
os.mkdir(str(rank))
directory=os.path.join(cwd,str(rank))
print(rank,directory)
os.chdir(directory)


new_comm.Spawn("SOME_MPI_EXECUTABLE_HERE",
                  args=[""],
                           maxprocs=4)

运行：

mpirun --oversubscribe -np 4 parent.py

似乎启动4个SOME_MPI_EXECUTABLE实例，每个实例在4个核心上运行。

（感谢Zulan）

用mpi4py嵌入mpi调用

1 个答案: