Question

我有一个包含许多文件的文件夹需要合并，我正在寻找一个好的命令来完成它。文件如下所示：

Concatenate Together:
A1_S1_L001_R1_001.fastq.gz
A1_S1_L002_R1_001.fastq.gz
A1_S1_L003_R1_001.fastq.gz
A1_S1_L004_R1_001.fastq.gz

Concatenate Together:
A1_S1_L001_R2_001.fastq.gz
A1_S1_L002_R2_001.fastq.gz
A1_S1_L003_R2_001.fastq.gz
A1_S1_L004_R2_001.fastq.gz

Concatenate Together:
B1_S1_L001_R1_001.fastq.gz
B1_S1_L002_R1_001.fastq.gz
B1_S1_L003_R1_001.fastq.gz
B1_S1_L004_R1_001.fastq.gz

Concatenate Together:
B1_S1_L001_R2_001.fastq.gz
B1_S1_L002_R2_001.fastq.gz
B1_S1_L003_R2_001.fastq.gz
B1_S1_L004_R2_001.fastq.gz

etc.

因此，模式是对于数百个文件，第一个字母和数字（此处为A1或B1）是指包含两个子组（R1和R2）的组。主要组是A1-H1，A2-H2和A3-H3。在每个子组中有四个文件（L001，L002，L003，L004）。

有没有一种简单的方法可以简单地将它们与zcat（或其他任何方式）结合起来？

Answer 1

这样的事情应该这样做：

cd "/path/to/the/directory" || exit 1
for num in {1..3}; do
    for letter in {A..H}; do
        for subgroup in R1 R2; do
            zcat "$letter$num"_S1_L*_"$subgroup"_001.fastq.gz > "$letter$num-$subgroup"
        done
    done
done

您可能需要调整输出文件的名称（可能还有路径）。我使用了"$letter$num-$subgroup"，例如B1-R1。

使用zcat批量组合文件列表

1 个答案: