SGE群集 - 提交后脚本失败 - 在终端中工作

Question

我有一个脚本，我试图提交给SGE集群（在Redhat Linux上）。脚本的第一部分定义了完整CWD路径中的当前文件夹，作为要在下游使用的变量：

#!/usr/bin/bash
#
#$ -cwd
#$ -A username
#$ -M user@server
#$ -j y
#$ -m aes
#$ -N test
#$ -o test.log.txt

echo 'This is a test.'
result="${PWD##*/}"
echo $result

在bash中，这可以按预期工作：

CWD：

-bash-4.1$ pwd
/home/user/test

运行脚本：

-bash-4.1$ bash test.sh
This is a test.
test

当我将作业提交到群集时：

-bash-4.1$ qsub -V test.sh

并检查日志文件：

This is a test.
Missing }.

有谁知道提交作业的原因是什么＆＃34; Missing}＆＃34;什么时候从命令行工作？我不确定我在这里失踪了什么。

感谢。

Answer 1

批处理调度程序的posix标准要求他们忽略＃！而是使用配置到集群中的shell或使用qsub的-S选项选择的shell。默认值通常是csh。因此，在脚本中添加#$ -S /usr/bin/bash之类的内容会导致它被bash解释。

或者，您可以说服群集管理员将队列从posix_compliant更改为unix_behavior。