将每行数据帧绘制为R中的单独图

Question

我有这种格式的数据框：

row.names 100 50 25 0
metabolite1 113417.2998 62594.7067  39460.7705  1.223243e+02
metabolite2 3494058.7972 2046871.7446 1261278.2476 6.422864e+03

色谱柱是指质量控制的浓度（％）：100,50,25,0。

目前为了绘制单个图表，我将数据提取到一个新的数据框中并将其绘制成如下：

metabolite1 <- data.frame(Numbers = c(100,50,25,0), Signal = c(113417.2998,62594.7067,39460.7705,122.3243)) 
# Extract coefficient of variance for line of best fit
Coef <- coef(lm(Signal ~ Numbers, data = metabolite1))
# plot data
ggplot(metabolite1, aes(x = Numbers, y = Signal)) +
  geom_point() + 
  xlim(0,100) +
  geom_abline(intercept = Coef[1], slope = Coef[2]) 

这是非常低效的，我试图找到一种更好的方法来为每一行绘制单独的散点图，而不是创建单独的数据帧。什么是更好的方法来做到这一点？我需要160个代谢物来生成图表。我试图将数据框融合为以下格式：

Name variable value
metabolite1 100 113417.2998
metabolite2 100 3494058.7972
metabolite1 50 62594.7067
metabolite2 50 2046871.7446
metabolite1 25 39460.7705
metabolite2 25 1261278.2476
metabolite1 0 1.223243e+02
metabolite2 0 6.422864e+03

然后使用ggplot和faceting绘制数据

ggplot(data = df, aes(x = variable, y = value)) +
geom_point() + facet_grid(~ Name)

但所生成的图都具有相同的y轴刻度，这与我正在使用的数据不相适应。我因此而假设我不能使用刻面来制作情节。

编辑：我不知道如何在不使用geom_smooth的情况下为每个地块添加最佳拟合线，我不想这样做。

Answer 1

你的融合和刻面方法正在走上正轨：

ggplot(data = df, aes(x = variable, y = value)) +
  geom_point() + 
  geom_smooth(method = "lm", se = FALSE, lwd = .5, col = "black") +
  facet_wrap(~ Name, scales = "free_y") 

这会产生与在子集上运行ggplot时得到的相似的图：

out <- lapply(list(metabolite1, metabolite2), function(d) {
  Coef <- coef(lm(Signal ~ Numbers, data = d))
  # plot data
  p <- ggplot(d, aes(x = Numbers, y = Signal)) +
    geom_point() + 
    xlim(0,100) +
    geom_abline(intercept = Coef[1], slope = Coef[2]) 
})
gridExtra::grid.arrange(out[[1]], out[[2]], nrow = 1)