Question

我有一个程序可以生成制表符分隔值文件（* .tsv）作为更大分析管道的一部分。这些tsv文件有四个注释标题行，每行以＃开头（下面带有行前缀的示例和后面的内容说明）。

#Version ProgramNameAndVersion
#CL CommandListing
#TEMPLATE-SDF-ID FileName
#abundance IgnoredHeaderNames

在此标题之后，通常会有大量数据行，我可以读取并操作而没有问题。但很少，该程序会写出仍然有注释标题行的tsv，否则为空。我正在寻找一种好方法来检查tsv文件是否为空，然后我尝试导入它并获得输入中没有可用的行＆＃34;错误。

通常情况下，我会使用：

info=file.info(ListOfFileNames)
empty = rownames(info[info$size == 0, ])

如[{3}}所述。但是tsv文件并不是真正空的，只是没有数据。另外，我不能仅仅将大小的截止值移动到不同的不同值，因为标题行中包含的详细信息会因文件而异，我发现＆＃34;空＆＃34;文件大小大于具有单行数据的文件的文件。

对于检查这些文件是否包含除＃标题行之外的任何数据的方法，我将不胜感激。

Answer 1

有几种想法：

在尝试阅读之前检查文件的第5行：

length(readLines(filename, n = 5)[-(1:4)]) > 0

使用readr，这仍然可以为您提供一个空的data.frame（tibble，实际上），但没有错误：
```
readr::read_delim(filename, delim="\t", comment="#")
```

捕获错误（可能是矫枉过正，也许使用withCallingHandlers做得更好）：

tryCatch(read.delim(filename, sep="\t", comment.char="#"),
         error = function(e) {
           if (grepl("no lines available in input", e)) {
             return(data.frame())
           } else {
             stop(e)
           }
         })

检查具有注释标头的tsv文件是否为空

1 个答案: