Question

我正在使用RAM包。我使用的函数对于多样性索引非常简单，在我的元数据中添加一列;

outname <-OTU.diversity(data=OTUtables, meta=metatables)

（参数：数据OTU表列表。

meta元数据以附加输出）

我正在循环它，但是我收到了这个错误：

请提供otu表作为列表;看？RAM.input.formatting

所以我去帮助菜单阅读：

一个数据集：
data=list(data=otu)
多个数据集：
data=list(data1=otu1, data2=otu2, data3=otu3)

这是我的代码：

i <- 1

for(i in 1:nrow(metadataMasterTax)){
  temp <-  read.table(paste(metadataMasterTax$DataAnFilePath[i], metadataMasterTax$meta[i], sep = ""),
                      sep = "\t", header = TRUE, dec = ".", comment.char = "", quote = "", stringsAsFactors = TRUE,
                      as.is = TRUE)
  temp2 <- temp
  temp2$row.names <- NULL #to unactivate numbers generated in the margin

  trans <-  read.table(paste(metadataMasterTax$taxPath[i], metadataMasterTax$taxName[i], sep = ""),
                      sep = "\t", header = TRUE, dec = ".", comment.char = "", quote = "", stringsAsFactors = TRUE,
                      as.is = TRUE, check.names = FALSE)
  trans2 <- trans
  trans2$row.names <- NULL #to unactivate numbers generated in the margin

  data=list(data=trans2[i])

  temp2[i] <- OTU.diversity(data=trans2[i], meta=temp2[i])

 # Error in OTU.diversity(trans2, temp2) : 
 # please provide otu tables as list; see ?RAM.input.formatting
 # is.list(trans2)
 # [1] TRUE
 # is.list(data)
 # [1] TRUE

  temp$taxonomy <- temp2$taxonomy

  write.table(temp, file=paste(pathDataAn, "diversityDir/", metadataMasterTax$ShortName[i], ".meta.div.tsv", sep = ""),
              append    = FALSE,
              sep       = "\t",
              row.names = FALSE)
}

任何人都可以帮助我.... 非常感谢

Answer 1

因为主要问题似乎是让OTU.diversity功能起作用，所以我专注于这个问题。下面的代码段使用OP提供的Google工作表数据运行OTU.diversity，没有任何问题。

library(gsheet)
library(RAM)

for (i in 1:2) {
  # Meta data
  temp <- as.data.frame(gsheet2tbl("https://drive.google.com/open?id=1hF47MbYZ1MG6RzGW-fF6tbMT3z4AxbGN5sAOxL4E8xM"))
  temp$row.names <- NULL

  # OTU
  trans <- as.data.frame(gsheet2tbl("https://drive.google.com/open?id=1gOaEjDcs58T8v1GA-OKhnUsyRDU8Jxt2lQZuPWo6XWU"))
  trans$row.names <- NULL

  rownames(temp) <- colnames(trans)[-ncol(trans)]

  temp2 <- OTU.diversity(data = list(data = trans), meta = temp)

  write.table(temp2, 
              file      = paste0("file", i, ".meta.div.tsv"), # replace 
              append    = FALSE,
              sep       = "\t",
              row.names = FALSE)
}

将for (i in 1:2)替换为for(i in 1:nrow(metadataMasterTax))，将as.data.frame(gsheet2tbl(...))替换为read.table(...)，将file参数替换为write.table中的相应字符串。

R根据is.list（= TRUE）要求列表似乎是一个列表

1 个答案: