BioPerl的Bio :: DB :: Fasta在Biopython中的等效功能是什么？

Question

我正在使用BioPython将Perl代码翻译成Python代码。

我有类似的东西：

my $db = Bio::DB::Fasta->new($path,$options)

我在Biopython中寻找类似的功能。有这样的吗？

Answer 1

您可以在http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.SeqIO-module.html

找到FASTA文件的IO

关于索引，我认为Biopython不会处理像Bio :: DB：Fasta这样的'.fai'文件。您可以使用SeqIO.index()方法获得字典（如perl哈希）。这是一个快速示例，如文档中所示：

from Bio import SeqIO
record_dict = SeqIO.index("fasta_file.fas", "fasta")

print(record_dict["ID of the fasta sequence"])

SeqIO.index在内存中创建一个dict，允许随机访问每个序列。阅读文档以查看该词典的局限性：http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.File._IndexedSeqFileDict-class.html