蛋白质组学数据的子网分析

Question

背景：我有七个样本的蛋白质组学数据（倍数变化的pvalue / log-score），我想通过网络（interactome）分析来分析数据。

问题：我喜欢从数据中创建所有蛋白质的相互作用组，并将蛋白质映射到具有显着pvalue的网络（与对照相比）， 之后我喜欢创建子网;还想将路径增益添加到子网中。

请求：请建议符合我要求的在线或独立工具（或算法）。

谢谢！

Answer 1

为了创建表示蛋白质 - 蛋白质相互作用的网络图，我建议您查看networkx库。您可以使用它传递一些节点（感兴趣的蛋白质）和边缘（交互）并生成图形。我相信它也可以生成这些图的子网。