Question

我使用的是Ubuntu 16.04。我试图从R运行一个简单的python脚本。脚本是

    import numpy as np
    x=1
    print(x)

并写在名为code.py的文件中。如果我通过

在bash中调用它，它工作正常

    python3.5 code.py

然而，当我通过

在R中调用它时

    system("python3.5 code.py",intern=TRUE)

我收到一条消息，说没有找到numpy。知道为什么会有这种差异以及如何解决这个问题？

谢谢！

更新

如果我使用

运行文件

     import sys 
     print(sys.path)

我得到了

     [1] "['/home/user/Desktop', '/usr/lib/python35.zip', '/usr/lib/python3.5', '/usr/lib/python3.5/plat-x86_64-linux-gnu', '/usr/lib/python3.5/lib-dynload', '/usr/local/lib/python3.5/dist-packages', '/usr/lib/python3/dist-packages']"

如果我从R运行文件，

    ['/home/user/Desktop', '/home/user/anaconda3/lib/python35.zip', '/home/user/anaconda3/lib/python3.5', '/home/user/anaconda3/lib/python3.5/plat-linux', '/home/user/anaconda3/lib/python3.5/lib-dynload', '/home/user/anaconda3/lib/python3.5/site-packages', '/home/user/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/Sphinx-1.4.1-py3.5.egg', '/home/user/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/setuptools-23.0.0-py3.5.egg']

如果我从命令行运行该文件。

Answer 1

问题是你的计算机上有两个版本的python3：系统默认（Ubuntu，我假设），以及你安装的那个（Anaconda3）。

当您从命令行运行它时，您正在使用Anaconda3环境（包括numpy和所有其他anaconda模块）。当你从R运行它时，它不知道使用Anaconda环境，所以它只使用你的默认python路径（不包括numpy）。

要解决这个问题，请使用Anaconda python而不是系统python在R中调用您的python脚本：

system("/home/user/anaconda3/bin/python3 code.py",intern=TRUE)

或者，您可以将/home/user/anaconda3/bin/添加到PATH中的~/.bashrc环境变量中，以便它选择系统二进制文件上的anaconda。

Python脚本在bash中工作，但在通过系统

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