我在bash脚本中有以下命令:
$prefixBioAwk -c fastx '{ if(length($seq) > 600) { print ">"$name; print $seq }}' my.fasta > short.fasta
现在我想通过在那里插入var 600
(包含一个迭代器)来使数字$myVar
灵活。
我该怎么做?
答案 0 :(得分:1)
由于这是作为bash问题发布的,我会回复bash响应,而不是具体的bioawk:
function translatePigLatin(str) {
var newStr = str;
// if string starts with vowel make 'way' adjustment
if (newStr.slice(0,1).match(/[aeiouAEIOU]/)) {
newStr = newStr + "way";
}
// else, iterate through first consonents to find end of cluster
// move consonant cluster to end, and add 'ay' adjustment
else {
var moveLetters = "";
while (newStr.slice(0,1).match(/[^aeiouAEIOU]/)) {
moveLetters += newStr.slice(0,1);
newStr = newStr.slice(1, newStr.length);
}
newStr = newStr + moveLetters + "ay";
}
return newStr;
}
关键是要退出单引号,以便shell可以解释变量并替换它的值。