在我的数据中，我有来自25个中心的13000名患者。为了模拟中心患者之间的相关性，我选择了frailtypack中的共享脆弱模型。
以下是我数据的一小部分。
Subject.ID frailty_status Center AS.Years Age Year.Of.Diagnosis Number.of.biopsy Gleason.Score PSA
1 1.000001 0 E 8.5420945 54 15 1 <4+<4 5.7
2 1.000002 0 A 6.8336756 67 16 1 <4+<4 8.0
3 1.000003 1 B 1.5879535 58 15 1 <4+<4 3.1
4 1.000004 1 A 2.4969199 69 16 1 <4+<4 3.0
5 1.000005 0 E 8.9691992 65 15 1 <4+<4 5.1
6 1.000006 0 F 8.2984257 61 15 1 <4+<4 0.9
7 1.000007 1 C 3.7782341 68 16 1 <4+<4 9.6
8 1.000008 0 E 7.1101985 72 14 1 <4+<4 4.5
9 1.000009 1 D 7.0527036 71 14 1 <4+<4 3.9
10 1.000010 1 B 4.6379192 75 16 1 <4+<4 5.5
11 1.000011 0 A 8.7310062 62 16 1 <4+<4 4.5
12 1.000012 0 E 8.0000000 73 16 1 <4+<4 3.0
13 1.000013 0 E 1.0513347 64 16 2 <4+<4 2.3
14 1.000014 0 E 6.2094456 67 16 1 <4+<4 4.5
15 1.000015 1 A 0.3641342 62 16 2 <4+<4 7.7
16 1.000016 0 B 5.3470226 54 16 1 <4+<4 3.8
17 1.000017 1 B 1.5195072 63 16 1 <4+<4 6.1
18 1.000018 1 C 2.4750171 59 16 2 <4+<4 8.5
19 1.000019 0 D 7.4113621 67 15 1 <4+<4 5.5
20 1.000020 0 D 8.4654346 60 16 1 <4+<4 9.9
21 1.000021 2 E 5.6919918 71 14 1 <4+<4 5.5
22 1.000022 0 A 7.4606434 55 15 1 <4+<4 4.7
23 1.000023 0 A 5.1252567 62 15 1 <4+<4 0.5
24 1.000024 0 F 7.1184120 60 15 1 <4+<4 3.0
25 1.000025 1 F 6.3244353 65 15 1 <4+<4 3.1
26 1.000026 0 F 13.7796030 66 10 2 <4+<4 1.8
27 1.000027 1 D 1.9822040 74 15 1 <4+<4 4.7
28 1.000028 1 D 4.0355921 65 16 1 <4+<4 6.1
29 1.000029 1 D 4.8432580 73 13 1 <4+<4 3.3
30 1.000030 1 D 1.7850787 63 16 1 <4+<4 4.3
我的代码
frailty.fit <- frailtyPenal(formula = Surv(AS.Years, frailty_status) ~ cluster(Center) + Age +
Year.Of.Diagnosis + PSA.at.inclusion + Number.of.biopsy + Gleason.Score,
data = cmp.dat, Frailty = TRUE, n.knots = 4, kappa = 1000, cross.validation = TRUE)
我收到错误消息"previous R session was abnormally terminated due to an unexpected crash."我尝试了n.knots 5, 6, 7, 8和kappa 1, 10, 100, 1000, 10000, 100000, 1000000, 10000000的不同值，但仍然收到相同的错误信息。我使用的是R 3.2.3，frailpack 2.9.4，Ubuntu 14.04,16G内存。
我很欣赏这个问题。