NumPy表现:uint8 vs.浮动和乘法与除法?

时间:2016-08-23 14:57:01

标签: python performance python-2.7 numpy

我刚刚注意到,通过仅将乘法更改为除法,我的脚本的执行时间几乎减半。

为了研究这个问题,我写了一个小例子:

import numpy as np                                                                                                                                                                                
import timeit

# uint8 array
arr1 = np.random.randint(0, high=256, size=(100, 100), dtype=np.uint8)

# float32 array
arr2 = np.random.rand(100, 100).astype(np.float32)
arr2 *= 255.0


def arrmult(a):
    """ 
    mult, read-write iterator
    """
    b = a.copy()
    for item in np.nditer(b, op_flags=["readwrite"]):
        item[...] = (item + 5) * 0.5

def arrmult2(a):
    """ 
    mult, index iterator
    """
    b = a.copy()
    for i, j in np.ndindex(b.shape):
        b[i, j] = (b[i, j] + 5) * 0.5

def arrmult3(a):
    """
    mult, vectorized
    """
    b = a.copy()
    b = (b + 5) * 0.5

def arrdiv(a):
    """ 
    div, read-write iterator 
    """
    b = a.copy()
    for item in np.nditer(b, op_flags=["readwrite"]):
        item[...] = (item + 5) / 2

def arrdiv2(a):
    """ 
    div, index iterator
    """
    b = a.copy()
    for i, j in np.ndindex(b.shape):
           b[i, j] = (b[i, j] + 5)  / 2                                                                                 

def arrdiv3(a):                                                                                                     
    """                                                                                                             
    div, vectorized                                                                                                 
    """                                                                                                             
    b = a.copy()                                                                                                    
    b = (b + 5) / 2                                                                                               




def print_time(name, t):                                                                                            
    print("{: <10}: {: >6.4f}s".format(name, t))                                                                    

timeit_iterations = 100                                                                                             

print("uint8 arrays")                                                                                               
print_time("arrmult", timeit.timeit("arrmult(arr1)", "from __main__ import arrmult, arr1", number=timeit_iterations))
print_time("arrmult2", timeit.timeit("arrmult2(arr1)", "from __main__ import arrmult2, arr1", number=timeit_iterations))
print_time("arrmult3", timeit.timeit("arrmult3(arr1)", "from __main__ import arrmult3, arr1", number=timeit_iterations))
print_time("arrdiv", timeit.timeit("arrdiv(arr1)", "from __main__ import arrdiv, arr1", number=timeit_iterations))  
print_time("arrdiv2", timeit.timeit("arrdiv2(arr1)", "from __main__ import arrdiv2, arr1", number=timeit_iterations))
print_time("arrdiv3", timeit.timeit("arrdiv3(arr1)", "from __main__ import arrdiv3, arr1", number=timeit_iterations))

print("\nfloat32 arrays")                                                                                           
print_time("arrmult", timeit.timeit("arrmult(arr2)", "from __main__ import arrmult, arr2", number=timeit_iterations))
print_time("arrmult2", timeit.timeit("arrmult2(arr2)", "from __main__ import arrmult2, arr2", number=timeit_iterations))
print_time("arrmult3", timeit.timeit("arrmult3(arr2)", "from __main__ import arrmult3, arr2", number=timeit_iterations))
print_time("arrdiv", timeit.timeit("arrdiv(arr2)", "from __main__ import arrdiv, arr2", number=timeit_iterations))  
print_time("arrdiv2", timeit.timeit("arrdiv2(arr2)", "from __main__ import arrdiv2, arr2", number=timeit_iterations))
print_time("arrdiv3", timeit.timeit("arrdiv3(arr2)", "from __main__ import arrdiv3, arr2", number=timeit_iterations))

这将打印以下时间:

uint8 arrays
arrmult   : 2.2004s
arrmult2  : 3.0589s
arrmult3  : 0.0014s
arrdiv    : 1.1540s
arrdiv2   : 2.0780s
arrdiv3   : 0.0027s

float32 arrays
arrmult   : 1.2708s
arrmult2  : 2.4120s
arrmult3  : 0.0009s
arrdiv    : 1.5771s
arrdiv2   : 2.3843s
arrdiv3   : 0.0009s

我一直认为乘法在计算上比分裂便宜。然而,对于uint8,一个师的效率几乎是其两倍。这是否与某个事实有关,* 0.5必须计算浮点数中的乘法,然后将结果转换回整数?

至少对于花车来说,乘法似乎比分裂更快。这一般是正确的吗?

为什么uint8中的乘法比float32中的扩张更广泛?我认为8位无符号整数的计算速度要比32位浮点数快得多?!

某人可以去除神秘面纱&#34;此?

编辑:要获得更多数据,我已经包含了矢量化函数(如建议的那样),并添加了索引迭代器。矢量化函数要快得多,因此无法真正比​​较。但是,如果向量化函数的timeit_iterations设置得更高,则会发现uint8float32的乘法运算速度更快。我想这会让人更加困惑吗?!

也许乘法实际上总是快于除法,但for循环中的主要性能泄漏不是算术运算,而是循环本身。虽然这并不能解释为什么循环对于不同的操作表现不同。

EDIT2 :与@jotasi已经说过,我们正在寻找divisionmultiplicationint(或uint8的完整说明})与float(或float32)。另外,解释向量化方法和迭代器的不同趋势将是有趣的,因为在向量化的情况下,除法似乎更慢,而在迭代器情况下它更快。

4 个答案:

答案 0 :(得分:6)

问题是你的假设,即你测量分裂或乘法所需的时间,这是不正确的。您正在测量除法或乘法所需的开销。

我们真的要查看确切的代码来解释每个效果,这些效果因版本而异。这个答案只能给出一个想法,一个人必须考虑的问题。

问题是简单的int在python中根本不简单:它是一个必须在垃圾收集器中注册的真实对象,它的大小随着它的值而增长 - 对于你所拥有的一切pay:例如对于8bit整数,需要24字节的内存!类似于python-floats。

另一方面,numpy数组由简单的c样式整数/浮点数组成,没有开销,可以节省大量内存,但在访问numpy-array元素时需要付费。 a[i]表示:必须构造一个python-integer,在垃圾收集器中注册,而且只能使用它 - 有很多的开销。

考虑以下代码:

li1=[x%256 for x in xrange(10**4)]
arr1=np.array(li1, np.uint8)

def arrmult(a):    
    for i in xrange(len(a)):
        a[i]*=5;

arrmult(li1)arrmult(arr1)快25,因为列表中的整数已经是python-ints而且不必创建!创造物体需要狮子在计算时间中所占的份额 - 其他一切都几乎可以忽略不计。

让我们来看看您的代码,首先是乘法:

def arrmult2(a):
    ...
    b[i, j] = (b[i, j] + 5) * 0.5

在uint8的情况下,必须发生以下情况(为简单起见,我忽略了+5):

  1. 必须创建python-int
  2. 它必须被转换为float(python-float创建),以便能够进行浮点乘法
  3. 并且返回到python-int或/和uint8
  4. 对于float32,可以做的工作较少(乘法费用不高):   1.创建了一个python-float   2.后退float32。

    所以float-version应该更快,而且是。

    现在让我们来看看这个部门:

    def arrdiv2(a):
        ...
        b[i, j] = (b[i, j] + 5)  / 2 
    

    这里的陷阱:所有操作都是整数操作。因此,与乘法相比,不需要转换为python-float,因此我们在乘法的情况下具有更少的开销。分工更快&#34;对于unint8而不是你的情况下的乘法。

    但是,float32的除法和乘法同样快/慢,因为在这种情况下几乎没有任何改变 - 我们仍然需要创建一个python-float。

    现在是矢量化版本:它们使用c-style&#34; raw&#34; float32s / uint8s没有转换(及其成本!)到引擎盖下的相应python-objects。为了获得有意义的结果,你应该增加迭代次数(现在运行时间太短,无法确定地说出来)。

    1. float32的除法和乘法可以具有相同的运行时间,因为我希望numpy通过乘以0.5来将除法替换为2(但是要确保必须查看代码)

    2. uint8的乘法应该更慢,因为每个uint8整数必须在乘以0.5之前被转换为浮点数,然后再转换为uint8。

    3. 对于uint8的情况,numpy不能通过乘以0.5来将除法替换为2,因为它是整数除法。对于许多体系结构,整数除法比浮点乘法慢 - 这是最慢的向量化操作。

    4. PS:我不会过多关注成本乘法与分裂 - 还有太多其他事情会对性能产生更大影响。例如,创建不必要的临时对象,或者如果numpy-array很大并且不适合缓存,那么内存访问将是瓶颈 - 你将看到乘法和除法之间没有区别。

答案 1 :(得分:4)

这个答案只关注向量化操作,因为其他操作缓慢的原因已由ead回答。

很多&#34;优化&#34;基于旧硬件。这些假设意味着在旧硬件上实现优化并不适用于较新的硬件。

管道和部门

分部 慢。分部操作由几个单元组成,每个单元必须一个接一个地执行一个计算。这就是分裂缓慢的原因。

然而,在浮点处理单元(FPU)中[在大多数现代CPU上都很常见],有一个专用单元排列在一个&#34;管道中。用于除法指令。一旦完成一个单元,其余的操作就不需要该单元。如果你有几个除法运算,你就可以在下一个除法运算中得到这些单位。因此,虽然每个操作都很慢,但FPU实际上可以实现高吞吐量的除法运算。管道传输与矢量化不同,但结果大致相同 - 当您有许多相同的操作时,吞吐量会更高。

想想像流量这样的管道。比较以30英里/小时的速度行驶的三条车道与一条以90英里/小时的速度行驶的车道。较慢的流量肯定会逐渐减慢,但三车道仍然具有相同的吞吐量。

答案 2 :(得分:-1)

这是因为你将一个int乘以一个浮点数并将结果存储为一个int。 尝试使用不同的整数或浮点值进行arr_mult和arr_div测试以进行乘法/除法。特别是,比较乘以'2'并乘以'2'。

答案 3 :(得分:-2)

这是第一次通常需要更长时间才能完成#34;预热&#34; (例如,分配内存,缓存)。

使用相反的分割和乘法顺序查看相同的效果:

>>> print_time("arrdiv", timeit.timeit("arrdiv(arr2)", "from __main__ import arrdiv, arr2", number=timeit_iterations))
>>> print_time("arrmult", timeit.timeit("arrmult(arr2)", "from __main__ import arrmult, arr2", number=timeit_iterations))

arrdiv:  3.2630s
arrmult:  2.5873s