Question

我刚才问过，在使用readr包时如何设置特定的列类型。 big integers when reading file with readr in r

有没有办法通过通配符定义列名？在我的情况下，我有时会有几列以Intensity开头，而附录则取决于实验。如果您不知道使用哪个项目名称，则很难在函数中使用read_tsv。

像col_types = cols('Intensity.*' = col_double())这样的东西会很棒。

有人知道如何获得此功能吗？

修改也许就像阅读前2行，grep＆＃39;强度＆＃39;在names中，然后以某种方式创建此参数，如cols(Intensity=col_double(), 'Intensity pg'=col_double(), 'Intensity hs'=col_double())。但是我不知道如何动态创建这个参数值。

Answer 1

我根据lukeA的评论添加了解决我问题的答案......

read_MQtsv <- function(file) {
  require('readr')
  jnk <- read.delim(file, nrows=1, check.names=FALSE)
  matches <- grep('Intensity|LFQ|iBAQ', names(jnk), value=TRUE)
  read_tsv(file, 
           col_types=setNames(
             rep(list(col_double()), length(matches)), 
             matches))
}

所以我将注释中的单行调整为新函数，我将在阅读由MaxQuant程序生成的特殊文件时使用。

使用readr时如何使用通配符定义col_type？

1 个答案: