艾伦脑研究所 - 脑部天文台的例子

Question

我试图效仿brain observatory ipython notebook。

的例子

但是，我加载了nwb文件，如下所示。

from allensdk.core.brain_observatory_cache import BrainObservatoryCache
boc = BrainObservatoryCache(manifest_file='boc/manifest.json')

data_set = boc.get_ophys_experiment_data(501940850)  # problem here

所以，我按HDFview打开了nwb文件。

除nwb外，所有大脑天文台502376461.nwb文件均未打开。

当我尝试从allen打开ipython笔记本示例中的502376461.nwb时，它工作了!!但是其他人（501940850，503820068 ...）失败了。

Answer 1

总结来自github的线程：

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/22

文件以某种方式部分下载或损坏。下载过程中没有报告异常，因此urllib一定不会发现问题。

AllenSDK开发人员正在调查某种文件一致性检查和/或不同的HTTP库。

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/28

如果其他人遇到此问题，您可以删除错误文件并重新运行下载功能（BrainObservatoryCache.get_ophys_experiment_data）。文件被下载到BrainObservatoryCache manifest file的子目录中，如果未指定，则默认为当前工作目录。