Question

我希望将数据帧的行组合在一起，使得＆＃34;开始＆＃34;和＆＃34;结束＆＃34;列包括原始数据集中的所有值。可能存在重叠，重复和嵌套范围。某些范围可能会丢失。

以下是我想要崩溃的数据示例：

data = data.frame(rbind(
    c("Roger", 1,  10),
    c("Roger", 10, 15),
    c("Roger", 16, 17),
    c("Roger", 3,  6),
    c("Roger", 20, 25),
    c("Roger", NA, NA),
    c("Susan", 2,  8)))
names(data) = c("name", "start", "end")
data$start = as.numeric(as.character(data$start))
data$end = as.numeric(as.character(data$end))

期望的结果是：

name   start end
Roger  1     17
Roger  20    25
Susan  2     8

我的尝试是扩展每行范围内的每个项目。这有效，但后来我不确定如何缩回它。此外，我使用的完整数据集有大约3000万行和非常大的范围，因此这种方法非常慢。

pb <- txtProgressBar(min = 0, max = length(data$name), style = 3)
mylist = list()
for(i in 1:length(data$name)){
  subdata = data[i,]
  if(is.na(subdata$start)){
    mylist[[i]] = subdata
    mylist[[i]]$each = NA
  }
  if(!is.na(subdata$start)){
    sequence = seq(subdata$start, subdata$end)  
    mylist[[i]] = subdata[rep(1, each = length(sequence)),]
    mylist[[i]]$daily = sequence
  }
  setTxtProgressBar(pb, i)
}

rbindlist(mylist)

Answer 1

我猜测IRanges对此更有效，但是......

library(data.table)

# remove missing values
DT = na.omit(setDT(data))

# sort
setorder(DT, name, start)

# mark threshold for a new group
DT[, high_so_far := shift(cummax(end), fill=end[1L]), by=name]

# group and summarise
DT[, .(start[1L], end[.N]), by=.( name, g = cumsum(start > high_so_far + 1L) )]

#     name g V1 V2
# 1: Roger 0  1 17
# 2: Roger 1 20 25
# 3: Susan 1  2  8

工作原理：

cummax是累计最大值，因此是目前为止的最高值，包括当前行。
要取不包含当前行的值，请使用shift（从前一行绘制）。
cumsum(some_condition)是制作分组变量的标准方法。
.N是由by=确定的群组的最后一行。

如果需要，可以在最后一步中命名列，如.(s = start[1L], e = end[.N])。

日期间隔。如果使用日期，我会建议IDate类;只需使用as.IDate转换Date即可。

我们可以在+1日期，但遗憾的是cummax不能，所以......

cummax_idate = function(x) (setattr(cummax(unclass(x)), "class", c("Date", "IDate")))

set.seed(1)
d = sample(as.IDate("2011-11-11") + 1:10)
cummax_idate(d)
#  [1] "2011-11-14" "2011-11-15" "2011-11-16" "2011-11-18" "2011-11-18"
#  [6] "2011-11-19" "2011-11-20" "2011-11-20" "2011-11-21" "2011-11-21"

我认为可以使用此功能代替cummax。

函数中的额外()是因为setattr不会打印其输出。

根据日期范围合并行

1 个答案: